除BOT特许协议外，基于这一特许协议上的其他合同都是平等主体间的合同，可以通过有关的民商事法律规范加以调整。而对于BOT特许协议的法律性质则争议较大。有关BOT特许协议的法律性质从不同的角度出发，可以得出不同的定性。其争论主要存在于两方面：第一，BOT特许协议是国际契约还是国内契约;第二，假如是国内契约，该契约是行政合同还是民事合同。
1、BOT特许协议属于国内法契约
BOT特许协议的法律性质有分歧：有人认为BOT特许协议应属国内法契约，有人认为BOT特许协议是国际性协议，也有人认为特许协议属于“准国际协议”，还有人认为特许协议是“跨国契约”等。争论的焦点在于：特许协议是国内法契约还是国际协议。笔者认为特许协议是国内法契约。特许协议是根据东道国的立法确定其权利义务关系，并经东道国依法定程序审批而成立。协议的一方为东道国政府，另一方为外国投资者，并非两个国际法主体。而持特许协议是国际协议者认为主权国家与外国投资者签订的此协议是专属于国家的某种权利，国家就默认另一方外国公司上升到主权国家的地位。而我们知道，任何一种法律关系的主体都有法律确定，而不是由缔约一方赋予;任何一种法律关系的主体都有其本身的法定要素，而不能由任何一方赋予或默认。因此，BOT特许协议不是国际法主体间订立的协议，不属于国际协议，不受国际法支配，而属于国内法契约。
2、BOT特许协议是经济合同
BOT特许协议是属于国内公法契约还是属于国内司法契约尚有争议。英国学者一般认为它是政府契约，适用普通法上的司法规范，但又根据其自身的特殊性创造了“契约不能束缚行政机关自由裁量权”的判例;美国学者将其当作“特许权”;而法国则将其视为政府执行经济计划的一种方式，因此称之为“行政合同”，并通过行政法院的判例，发展了一整套关于行政合同的法律规则和法律制度。在国内，有人认为它是民事合同，有人认为它是类似土地使用权转让的行政合同。
笔者认为，BOT特许协议是经济合同。在此有必要对民事合同、行政合同及经济合同做一区分。首先应当明确的一点是这三种合同是分别属于民商法、行政法和经济法的调整范围。具体言之，民事合同是平等主体之间的合意，那些为了明确上下级责任或将公权利具体化的合同，不属于民事合同;行政合同是指行政机关为了实现特定的行政管理目标和履行行政职能而与相对人经过协商，双方意思表示一致所达成的协议，其所侧重的是行政组织及其权利设置、行使、制约和监督;至于经济合同，此处具有特定的含义，笔者认为经济合同是指由经济法调整的、国家在调节社会经济过程中与相对人经过协商，双方意思表示一致所达成的协议，它包括三种具体的法律关系，即经济管理关系、维护公平竞争关系及组织管理性的流转和协作关系，“国家调节及参与”是其主要特征。经济合同所侧重的是由国家一方主体参与的、与国家整体经济运行有关的内容。从对BOT投资方式法律特征的分析中我们不难看出BOT特许协议的主体—政府具有双重身份，其既是一个与外商地位平等的合作伙伴，又是一个政府特许权利先行获得者、承受者和具体实施的监督者，政府运用BOT特许协议是为了满足社会对公共事业的需求，而且政府还可以基于公共政策的考虑，单方面变更和中止合同，体现了“国家意志”和“经济利益”的统一。因此不难看出BOT不同于行政合同和民事合同，它具有经济合同的一般特征。
