进行工程造价审计，首先应仔细研究合同、协议、招投标文件，确定工程价款的结算方式。合同依据计价方式的不同，可分为总价合同、单价合同和成本加酬金合同。其中，总价合同又分为固定总价合同和调价总价合同;单价合同又分为估计工程量单价合同、纯单价合同和单价与包干混合式合同。先确定合同的计价类型，再仔细研究其中的调价条款，根据结算调价条款进行工程价款审计。
目前，许多工程合同签订后，甲乙双方都会签订补充协议。大多数的补充协议都会对合同的结算调价条款进行补充或更改，一般情况下施工单位会进一步让利，但也有个别工程建设单位会给出增加工程价款的条件，特别是政府投资工程。2005年1月1日最高人民法院出台了关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释，可据此分析判断补充条款的有效性。如果只是对合同主条款和招投标文件内容进行补充或做一些次要内容的更改，应视为有效;如果对合同主条款或招投标文件进行了较大的更改，违背了主合同和招投标文件的主要意思表示，应视为阴阳合同，作无效处理。做出无效判断要十分谨慎，必要时可以向相关法律部门咨询。
施工单位一般会通过虚增工程量，重复计算工程量来增加造价。审减工程量是降低工程造价的基本手段。对工程量进行审计，首先要熟悉图纸，再根据工作细致程度的需要、时间的要求和审计人力资源情况，结合工程的大小、图纸的简繁选择审核方法。采用合理的审核方法不仅能达到事半功倍的效果，而且直接关系到审核的质量和效率。工程量审计方法主要有以下几种：全面审核法、重点审核法、对比审核法、分组计算审核法、筛选法等。其各有不同的适用范围和优缺点，应根据具体情况科学选用。一些图纸不明确的工程需要进行现场计量，审计人员则一定要到现场，按计量规则进行计量。对隐蔽工程可以通过查阅隐蔽工程验收记录来确定其真实情况。
另外要特别重视施工组织设计，即技术标准在工程审计中的作用。部分施工内容如大型机械种类、型号、进退场费、土方的开挖方式、堆放地点、运距、排水措施、混凝土品种的采用及其浇筑方式，以及牵扯造价的措施方法等，可依据施工组织设计和技术资料做出判断。
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