一、协议中的价格与自然人股东股权转让价格不一致合法吗?
1、协议中的价格与自然人股东股权转让价格不一致一般是不合法的，提出是由股权的转让方和受让方按照意思自治的原则协商确定股权转让价格。
在股份公司，股票存在一个相对客观而由证券本身确定的价格，在投资学上称作“内在价值”。股票内在价值的计算方法多种多样，较为简洁有效的方法是市盈率法，即股权转让价款按照公司的净利润乘以一定倍数的市盈率计算确定。
2、理论上讲，不论是按照何种定价方式计算，在同一时点同一股东持有的股权应当是等价的，之所以有不同的定价结果，必然是股权本身价值以外的因素在起作用。在股权转让自由的原则之下，是否允许股权同次转让不同定价，关键看是否会损害相关各方的利益。
首先考虑公司本身，股权转让是股东间的行为，股权价款的高与低对公司自身资产不会产生任何影响，因此不会损害公司的利益;其次考虑其他股东，由于公司法赋予了其他股东对于股权向外部人转让时的否决权以及法定优先购买权，因此也不会损害其他股东的利益。
二、股权转让价格明显偏低的情形
《股权转让所得个人所得税管理办法》第十二条
符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
(一)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(二)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(三)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(四)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(五)不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(六)主管税务机关认定的其他情形。
虽然股权在购买后就属于公民个人所有，但是并不是说股东可以随意转让股权，即使是满足转让条件之后，也还需要按照既定的规定去确定转让价格，若是最后协商确定的价格明显偏低，此时转让可能会无效。
