一是建立健全预付账款的相关制度
(1)建立健全预付账款管理责任制度。财务部门工程管理人员负责预付账款中的设备管理工作，材料核算人员负责预付账款中的材料借款管理工作，供应部门负责预付账款的清查催收工作。通过加强对预付账款的管理，加速资金周转，提高资金使用效益。
(2)建立预付账款的控制制度。发生预付款项时必须签订合同，合同经各有关部门会签后，上交一份财务部备查。同时为了节约货币资金的支出，供应部门应按照经部门主任、总会计师审批后的购货合同的规定，办理预付账款支付手续，严格控制各种预付款项的额度。未签订购货合同的业务不得发生预付账款，外委工程不准发生预付账款。
(3)建立预付账款台账管理制度。财务部门应与客户协商，要求客户建立预付账款台账，详细反映各客户预付账款的增减变动、余额、发生时间、对方负责人、经办人、目前对方的经营状况、预付账款的清理情况、清收负责人和经办人等信息。对各种预付款项，应按照购货协议或合同的规定，按单位或个人名称、债务单位、个人或供应单位名称设置有关的明细账并详细记载。
二是财务负责人和内部审计部门应定期对“预付账款”进行实质性测试
重点审查预付账款支付的正确性、时效性和合法性，获取或编制预付账款明细表，复核加计正确，并与报表数、总账数和明细账合计数核对，同时请单位协助，在预付账款明细表上标出截止检查日已收到货物并冲销预付账款的项目，抽查复核其真实性和正确性。应选择以下方法对预付账款进行分析性复核：将期末预付账款余额与上期期末余额进行比较，分析其波动原因;了解预付账款惯例以及收回货物的平均天数，并分析预付账款的账龄，如有确凿证据表明其不符合预付账款性质，或者因供货单位破产、撤消等原因已无望再收到所购货物的，是否将原计入预付账款的金额转入其他应收款并按企业的会计政策计提相应的坏账准备;计算预付账款与主营业务成本的比率，并与以前各期比较，分析异常变动的原因;将预付账款余额的增减幅度与主营业务成本的增减幅度比较，分析异常变动的原因;对大额异常项目进行调查。
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