两者在登记成立时的不同之处在于向工商局提供的文件，个体工商户需要提交身份证明、职业情况的证明和经营场地证明;而私营企业除了提交身份证明和经营场地证明外，还要提交具有法定资格的机构出具的验资证明。
私营企业仅限于个人出资，即使实际上是以家庭共有财产出资的，也是以个人名义出资，而个体工商户则个人、家庭出资均可。两者都由出资人以个人财产承担无限责任，但个人独资企业在出资时明确以家庭共有财产作为个人出资的，依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
根据国务院有关规定，自2000年起，对私营企业只征收个人所得税。个体工商户要缴纳营业税和个人所得税。
定额税不是一种税种，而是税收的征收方式，对生产经营规模小又确无建账能力的个体工商户，税务部门对其实行定期定额的方式征收税款。这些个体工商户经税务部门批准可以不设置账簿，但必须建立收支凭证粘贴簿、进货销货登记簿并完整保存纳税资料，以接受税务部门检查。税务部门对个体工商户核定定额依照以下程序进行：
(1)业户自报。定期定额户要按规定将预计生产经营情况和应纳税经营额及收益额向税务部门申报，并填写《年(季度)应纳税经营额及收益额申请核定表》。
(2)典型调查。税务部门将定期定额户进行分类，并按行业、地段、规模选择有代表性的典型户，对其生产经营情况进行全面调查分析，填制《经营情况典型调查表》。
(3)定额核定。税务部门根据业户自报的生产经营情况和典型调查情况，参照同行业、同规模、同地域业户的生产经营情况及应纳税额，采用《个体工商户定期定额管理暂行办法》规定的方法核定定期定额户的应纳税经营额及收益额，并填写《年(季度)应纳税经营额及收益额申请核定表》。
(4)下达定额。税务部门将核定表报县级税务部门审核批准后，填写《定额核定通知书》，下达定期定额户执行，并同时张榜公布其定额。
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