一、分公司存在法律纠纷能否注销
分公司存在法律纠纷的，不影响分公司注销，司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。分公司的纠纷由总公司处理。
《中华人民共和国民法典》
第七十四条 【法人分支机构及其责任承担】法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。
分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担;也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
《中华人民共和国公司登记管理条例》
第四十九条 分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。公司登记机关准予注销登记后，应当收缴分公司的《营业执照》。
二、分公司注销登记需要提交什么材料
(1)公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
(2)公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
(3)公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
(4)分公司的《营业执照》正、副本。
(5)分公司完税证明。您所说的“税务系统中好像还处于非正常状态”如果是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
(6)分公司如单独开设有银行账户的，还必须要提交银行清户证明。
(7)分公司公章。
通过上述分析知道，依据《公司登记管理条例》的规定，分公司被公司撤销、依法责令关闭、吊销营业执照的，公司应当自决定作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记，分公司有纠纷，不影响分公司注销。如果需要法律方面的帮助，读者可以到法律咨询网www.fenxiangshe.cn进行咨询。
