一、政府征收土地闲置三年应怎么处理
1、政府征收土地闲置三年应由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权。土地为农民集体所有的，应交由原农村集体经济组织恢复耕种；土地为城市国有的，经原批准机关批准应予以收回。
2、法律依据：
根据《土地管理法》第三十八条的规定
禁止任何单位和个人闲置、荒芜耕地。已经办理审批手续的非农业建设占用耕地，一年内不用而又可以耕种并收获的，应当由原耕种该幅耕地的集体或者个人恢复耕种，也可以由用地单位组织耕种；一年以上未动工建设的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳闲置费；连续二年未使用的，经原批准机关批准，由县级以上人民政府无偿收回用地单位的土地使用权；该幅土地原为农民集体所有的，应当交由原农村集体经济组织恢复耕种。在城市规划区范围内，以出让方式取得土地使用权进行房地产开发的闲置土地，依照《中华人民共和国城市房地产管理法》的有关规定办理。
二、政府征收土地的合法程序
1、征地的批准程序，
2、征地的实施程序，
3、发布征地公告，
4、办理征地补偿登记，
5、拟订征地补偿安置方案，
6、确定征地补偿安置方案，
7、实施征地补偿安置方案，
8、土地交付
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