各地方建设行政主管部门和行业协会拟定的招标代理合同示范文本格式条款不完善，监管机构对于备案的招标代理合同审查不严格。同时，招标代理合同相关的配套文件不完善。我国有关建设工程招投标的法律、法规的实行为招标代理合同的签订奠定了良好基础，但在执行过程中，仍然存在许多不完善或有待明确的地方。如：
(1)《招标代理服务收费管理暂行办法》中有关勘察、设计、咨询、监理等服务招标的招标代理收费标准的基数为勘察、设计、监理等的中标价的服务招标来收取代理费，其收费标准明显偏低，在实际项目代理的过程中，招标代理机构在支付5-7人专家评委费后，所收得的服务费还存在亏本的现象。
(2)《招标代理服务收费管理暂行办法》中规定单独提供编制招标文件(有标底的含标底)服务的，可按规定标准的30%计收。根据招标代理工作的实际情况，编制招标文件及工程标底占有招标代理业务中很大的一部分工作量，特别是各专业的人员配备，仅按规定标准的30%计收费用，显然不尽合理。
(3)《招标代理服务收费管理暂行办法》规定招标代理服务收费实行政府指导价，并给出了全过程招标代理服务收费标准，但对非全过程招标代理的情况没有给出确定的收费标准。
(4)《招标代理服务收费管理暂行办法》中招标代理服务收费采用差额定率累进计费方式，上下浮动幅度不超过20%。目前招标代理合同签订时，招标人不具体分析委托项目估算价，均要求下浮20%。
