一、建筑工程纠纷双方约定管辖法院是否有效
1、建筑工程纠纷双方约定管辖法院有效。当事人还可以自行协议约定管辖法院，在建筑工程合同中达成合意即可;合同没有约定或约定不明确的，由发包人接受图纸所在地的人民法院管辖。
2、法律依据：《民事诉讼法》
第二十四条 因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
第三十五条 合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
二、建筑工程纠纷案件有几种形式及如何应对
1、发包方拖欠工程款违约纠纷
承包方可以充分利用承包人的优先受偿权以及财产保全的方式提起诉讼依法维护自己的权利。
2、关于违法分包问题引起的工程款纠纷
对于这类纠纷可以利用实际施工人的诉权进行解决或者根据发包方已经竣工验收合格或者已经投入使用的实际情况要求支付工程款。
3、竣工结算报告争议引发的拖欠工程款纠纷
对于这类纠纷，承包方可以将结算文件用特快专递方式向发包方邮寄竣工结算报告，如果有公正部门对该邮寄行为予以公证则更为妥当。
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