1、此类合同违反了法律的强制性规定。由于《房地产管理法》明确规定房屋所有权和房屋占用范围内的土地使用权同时转让，因此要实现此类合同的目的，就必须使在集体土地上所建房屋的所有权与集体土地的土地使用权同时转让，但是在《土地管理法》里却明确规定“农民集体所有的土地的使用权不得出让、转让或者出租用于非农业建设”，因此，在农村集体土地上所建商品房买卖合同违反了法律(此处是指《土地管理法》)的强制性规定。根据《合同法》第52条的规定，违反法律的强制性规定的合同无效，由此就可以得出此类合同无效的结论。
2、由于合同标的不能而无效。除合法要件外，契约的标的可能、确定或可确定是合同生效的必备要件之一。所谓标的可能，是指合同所规定的债权人的权利或债务人的义务在客观上有成为现实的可能性。假如标的无法实现，则不发生法律上的效力。当事人签订的在集体土地上所建商品房的买卖合同，其标的是买受人交付价金、出卖人移转房屋所有权。但在现实生活中，由于房产管理部分只办理城市国有土地上所建房屋的权属证书，因此，在集体土地上所建的商品房无法按照约定进行所有权的移转，因为依照物权的公示公信原则放弃，不动产物权的移转必须以法定登记机关的物权移转登记为要件，不经登记变更物权归属始终不发生变化，也就是说这类合同的标的在客观上没有实现的可能性。这是一种债务人即使愿意履行也不履行的状态。基于这一原因，也可以确定此类合同无效。
