一、商标使用费收费通知中怎么扣费的
1、企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
2、法律依据：《企业所得税实施条例》第一百二十三条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则，或者企业实施其他不具有合理商业目的安排的，税务机关有权在该业务发生的纳税年度起10年内，进行纳税调整。综上所述，子公司使用母公司的商标所支付的商标使用费，母公司应当按照企业间的独立交易原则来确认收入，子公司支付的商标使用费只要符合关联企业之间的规定，就可以按计入费用在税前扣除。
二、商标使用费是否可以税前扣除
商标使用费不能在税前扣除。商标使用费属于特许权使用费之一，法律明确规定了，企业内部各营业机构之间缴纳的特许权使用费，不得税前扣除.由于企业所得税法采用企业所得税，企业分支机构属于企业总部的组成部分，不是外部独立的实体，不能成为独立的企业所得税纳税人，应当由企业总部统一代表进行汇总纳税。不得税前扣除的特许权使用费由干母公司与子公司属干不同独立法人企业，存在着控制与被控制的关联关系，应当按照独立企业之间的公平交易原则来确定商标使用费的价格，作为企业正常的费用进行税务处理。希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题可以到法律咨询网www.wsmba.cn咨询专业律师。
