一、公司以员工怀孕为由克扣工资怎么办
1、公司以员工怀孕为由克扣工资可以要求公司赔偿。孕妇的正常出生检查均受国家法律保护，工资不应被克扣。如仍被用人单位扣款，属于违反国务院相关规定，可到相关劳动行政部门反映投诉。
2、法律依据：《女职工劳动保护特别规定》第六条，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。对怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长劳动时间或者安排夜班劳动，并应当在劳动时间内安排一定的休息时间。怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。
二、单位克扣工资经济补偿金员工是否可以申请
可以的。
“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
（1）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（2）拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的；
（3）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（4）解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。”
可以看出，用人单位克扣职工工资，要支付拖欠工资、补偿金(25%拖欠工资额)，必要时还要支付赔偿金(但要以造成实际损害为前提)。
希望以上内容能对您有所帮助，如果您还有其它问题可以到法律咨询网www.fenxiangshe.cn咨询专业律师。
