人民法院在审理民事案件时，是根据当事人自愿原则，在事实清楚的基础上，分清是非、进行调解。调解是终结诉讼、解决纠纷的重要手段，调解合法成立后具有实质上的法律效力。建立行政诉讼调解要充分体现当事人双方的共同意愿，同时能够保障原告有与被告平等协商的能力，坚持合法性调解应确立为行政诉讼调解的基本原则。很多情况下，依法调解能保护公民、法人和其他组织的合法权益，还能监督和促进行政机关的依法行政。
(二)调解不能超越被告法定职权原则
行政主体的行政职权是国家赋予它的以实现管理国家为目的权力，是公权，不允许任意处分，被告处分或放弃的权利限定在法定权限范围内。行政诉讼上的调解不能以放弃、牺牲国家的权利来换取“息事宁人”的目的。行政机关只有在不违背法律的禁止性规定，不损害国家、集体和他人利益的前提下才可适用调解解决纠纷。
(三)调审结合原则
行政审判实践中的协调作用发挥已证明在行政诉讼过程中，调解不论是审前还是审判中，坚持能调则调、当判则判、调判结合、案结事了，妥善解决行政纠纷。当然，调解不应仅限于一审程序，行政诉讼调解的确立已给予当事人的程序选择权，在二审、再审程序中适用调解，也能够更好、更有效地保护当事人的权利。
(四)原告利益优先原则
作为行政行为的相对人的原告往往处于弱势地位，维护行政机关依法行政不能以损害相对人的合法权益为代价，应在充分保护原告利益的前提下进行调解。
