一、对被告单位的违法所得如何处理
1、刑事案件的被告单位，如果有违法所得及其他涉案财物，尚未被依法追缴或者查封、扣押、冻结的，人民法院应当决定追缴或者查封、扣押、冻结。
2、法律依据：最高人民法院关于适用《中华人民共和国刑事诉讼法》的解释
第三百四十一条被告单位的违法所得及其他涉案财物，尚未被依法追缴或者查封、扣押、冻结的，人民法院应当决定追缴或者查封、扣押、冻结。
二、什么是单位犯罪
单位犯罪，是指公司、企业、事业单位、机关、团体为本单位谋取非法利益或者以单位名义为本单位全体成员或多数成员谋取非法利益，由单位的决策机构按照单位的决策程序决定，由直接责任人员具体实施，且刑法明文规定单位应受刑罚处罚的犯罪。
三、单位犯罪和共同犯罪的区别有哪些
单位犯罪和共同犯罪的区别有以下这些：
(1)前者犯意只能产生于犯罪行为实施以前，后者犯意可以是在实施犯罪以前，也可以在实施犯罪过程中。
(2)前者单位成员并非都有犯罪意图和犯罪行为，后者参加人都有犯罪意图和相应的犯罪行为。
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