国家赔偿是从民事赔偿发展而来的，因此两者有许多共通之处。但是，国家赔偿是独立于民事赔偿的自成体系的法律制度，两者的区别可概括为：
1.赔偿发生的原因不同。
国家赔偿由国家侵权行为引起;而民事赔偿由民事侵权行为引起。(《民法典》规定的公务侵权与国家公权力的行使有关，公务侵权的民事责任实际适用《国家赔偿法》的规定。)
2.赔偿主体不同。
国家赔偿的主体是抽象的国家，具体的赔偿义务由国家赔偿法规定的赔偿义务机关履行。赔偿主体与赔偿义务人相互分离。而民事赔偿的主体通常是具体的民事违法行为人，赔偿主体与赔偿义务人相一致。
3.赔偿的归责原则不同。
国家赔偿的归责原则是违法原则，而民事赔偿的归责原则体系由过错责任原则、无过错责任原则、公平责任原则构成。
4.赔偿程序不同。
国家赔偿的程序较民事赔偿更为复杂，其区别在于：首先，在提起国家赔偿诉讼之前，除在行政诉讼中一并提起赔偿外，请求人应先向赔偿义务机关提出赔偿请求，即实行赔偿义务机关决定前置原则，不经该决定程序，法院不予受理，而在民事赔偿程序中，受害人可以直接向法院提起赔偿请求，无须经过前置程序。其次，证据规则不同。国家赔偿一般实行“初步证明”规则，即赔偿请求人首先要证明损害已经发生，并且该损害是由国家机关及其工作人员的违法行为所引起，继而，证明责任转移到被告，而在民事赔偿诉讼程序中则实行“谁主张、谁举证”的证据规则。
