我国的软件企业在维护自身合法权益方面仍然与国外同类企业存在着较大的差距，在两个方面问题上比较突出：一是保护软件知识产权法制意识比较薄弱;二是知识产权归属关系不清。甚至还有一些企业尚未将保护软件知识产权的内容纳入企业管理制度之中。
计算机软件开发过程中，除取得程序代码这一最终成果外，还包括数据结构、算法、用户界面、组织结构等内容。因介于代码与软件功能之间的部分基本上还是属于软件开发过程中的思想，而非软件的表达，故不属于保护范围。
计算机软件侵权判断的原则：“实质相似性加接触”原则。在二者实质相似的前提下，若有证据证实被告接触或可能接触了软件，一般就可以认定侵权成立。其步骤如下：
(1)对被控侵权软件与权利人的软件直接进行软盘内容对比或者目录、文件名对比;
(2)对两个软件的安装过程进行对比，注意安装过程中的屏幕显示是否相同;
(3)对安装后的目录以及各文件进行对比，包括对比文件名、文件长度、文件建立或修改的时间、文件属性等表面现象;
(4)对安装后软件使用过程中的屏幕显示、功能、功能键、使用方法等进行对比;
(5)对两个软件的程序代码进行对比。
其中，最主要的是程序代码比对阶段。目标程序同一性判断只是软件侵权判断的基础，在目标程序相同的情况下，还需进一步判断与目标程序相对应的两个软件的源程序是否同一。如果两个软件的源程序实质相似，则可判定两个软件相似，侵权行为成立。
