1、大股东利用持股比例优势，股东会形同虚设，小股东缺乏话语权和表意权。那些集大股东与经营者于一身的新“当家人”，往往在股东会上利用其优势股权比例滥用表决权，一人说了算，小股东举不举手一个样。由此，出现大量小股东不愿出席股东会的情形，使得股东会流于形式，小股东作为出资者本应享有的天然权利完全被践踏。
2、大股东利用资本多数决原则，把持股东会、董事会，控制经营权，并限制小股东的经营管理权。在国有企业转制的公司中，大股东往往是原来企业的董事长或总经理，因而出现个人集权、专断现象非常普遍。由于缺乏必要的制衡机制，大股东、经营者通过采取关联交易，利润转换等方式转嫁经营风险，损害小股东及公司利益。
3、经营者通过强化按资分配和年薪制手段，变相侵害小股东的经济利益。从资本投资者的角度看，希望自己在不劳动或少劳动的情况下尽可能多的得到红利，而企业职工则希望多劳多得。利益冲突之下，小股东显然是牺牲品。
4、有些地方的政府职能部门和国有企业借改制之机搞“金蝉脱壳”，向小股东转移债务，以实现所谓的“扭亏转盈”。也有的企业把改制作为筹资手段，却不按规定转换经营机制，使得大股东凭借优势表决权，操纵股东会、董事会、监事会，最大限度地获取利益。
