因为按照房改的有关规定，城市职工以标准价或成本价购买的房屋，在购房后5年之内不得上市交易;5年之后，如果出售房屋，原产权单位也有优先购买的权利。这样的房屋在做产权验证的时候，就会出现问题。
另外，由于小产权房不受法律认可，也不用在房管部门备案，不在政府机构监管范围内，因此在使用房屋的过程中，如果遇到一些房屋质量问题、公共设施维护问题，其救济途径就非常有限。
对于买方来说，小产权房得不到法律的认可和保护，无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户，对房屋的保值和升值也有很大影响。
除此之外，购买小产权房还会有办税办证的风险，不能取得合法土地证和产权证，根据相关法律法规的规定，拆迁时，被拆迁房屋必须提供合法的土地使用权证和房屋所有权证作为补偿的依据。
