1、卫生行政部门组织鉴定
如果当地的卫生行政部门，接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告，或者医疗事故争议当事人，要求处理医疗事故争议的申请后，卫生行政部门认为需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
当地卫生行政部门启动医疗事故鉴定的程序医疗卫生行政主管部门接到下属的医疗机构的报告组织的鉴定;或者是患者及其家属单方面要求卫生行政主管部门组织医疗事故鉴定，并且得到许可的情况下方可以启动。
该程序的启动往往需要医疗机构的报告，卫生部门认为必要;或者患者自己提出请求，卫生部门同意、许可，才可以启动。如果医疗机构没有向卫生主管部门提出报告;卫生主管部门认为没有必要鉴定;或者患者及其家属提出鉴定申请，但是卫生行政主管部门认为没有必要鉴定，或者拒绝鉴定的，则该程序是无法启动的!患者及其家属是可以单方面向卫生行政主管部门提出启动鉴定申请的要求的。
如果是卫生行政部门组织鉴定的，则往往是在医疗诉讼程序前，未进入医疗诉讼程序的情况下。如果纠纷已经进入诉讼程序，往往医学会是拒绝受理的。等待法院的委托或者当事人的协商结果，通过在诉讼中的请求和委托进行医疗事故鉴定。
2、法院鉴定
根据中国诉讼法的相关规定，如果在医疗纠纷诉讼中，医疗机构和患者及其家属都没有提出医疗事故鉴定申请的，而主审法官认为有必要做事故纠纷的，那么法官自己也可以提出医疗事故鉴定的要求，启动医疗事故鉴定程序。
该鉴定程序在设定上是有其特殊性的，与其说是医患双方当事人的一个诉讼权利，不如说是法律给了法官的一项权利。使法官在医疗纠纷诉讼程序中，可以更好的驾驭庭审程序，给法官的裁判提供法律依据。
法院要求医疗事故鉴定的，不需要医疗事故纠纷双方当事人的申请，也不存在当地医学会是否受理的问题，只要庭审法官认为必要的，就可以启动医疗事故鉴定程序。
患者或家属在申请医疗事故技术鉴定之前，一定要注意及时搜集和保护证据，如病历资料、实物、挂号证、医疗费单据、交通费票据等。此外，还要认真学习《医疗事故处理条例》、《医疗事故技术鉴定暂行办法》及卫生管理法律、法规，按照医学会的要求及时提交医疗事故技术鉴定相关材料，并委派详细了解整个医疗纠纷案件、逻辑思维清晰、会说普通话的人员参加鉴定会。
对于医疗事故具体鉴定情况，是需要严格基于医疗事故造成的后果而定的，法律上也明确规定了相关事项的处理程序，对于不同的医疗事故后果所认定的鉴定等级是不同的，最终所认定的赔偿和处理情况也是不同的。
