双方商定的流转费归流转方所有。土地流转协议其实就是一种民事合同，合同双方在完全自愿的情况下，达成一致的意向，并且二者之间的合同不容许第三人干涉，这是法律赋予合同最基本的保护。
在土地流转合同中，任何组织和个人不得擅自截留、扣留流转费，以保障承包方流转土地承包经营权的收益不被侵犯。
根据我国《农村土地承包法》第36条的规定，土地承包经营权流转的转包费、租金、转让费等，应当由当事人双方协商确定。村委会只能调解，而没有权力决定双方之间土地流转的具体收益标准。
附：2012年11月5日，民政部网站公布由中纪委、中组部和民政部等12个部委联合印发的《关于进一步加强村级民主监督工作的意见》。
村委会成员任期和离任都须接受经济责任审计。农村除由村民投票选出村“两委”外，还将设立村务监督委员会，制约并监督村干部处置村集体财产的权力。
设村务监督委员会负责村民民主理财和村务公开，是《意见》的亮点之一。民政部基层政权司相关负责人介绍，村委监督机构成员由民主推选3至5人，独立行使监督权，向村民会议和村民代表会议负责，监督村级重大事项决策程序和落实情况;村务公开以及村集体财产的管理、处置;村委会成员履职任职及廉洁自律等情况，并有权否决不合理开支。
《意见》鼓励群团组织负责人、村民小组长和村民代表，通过民主推选兼任村务监督机构成员，提倡村党组织成员兼任村务监督机构成员，但村委会成员及其近亲属、村会计(村报账员)、村文书不得担任村务监督机构成员。
为规范村委会的廉洁，《意见》要求，有财务审批权，或参与村经济活动决策的村委会成员，都要接受任期和离任经济责任审计。审计由县级农业、财政部门或乡级政府组织实施。村民如有异议，1/5以上村民联名，也可要求委托专业机构再审。
经济责任审计的内容包括：集体资产的管理使用、财务预决算、财务收支、生产经营和建设项目的发包管理、集体的债权债务、政府划拨或接受社会捐赠的款物使用等。审计发现村委会成员确实存在侵占集体资产、资金、资源等情况，可责令其如数退赔;构成违法或犯罪的，将依法移送有关部门处理。
《意见》提出目标，到2020年，我国要实现村级民主监督制度完善、形式丰富，民主评议有效，经济责任审计规范，切实保障农民的知情权、参与权、表达权和监督权。
