上述合作、委托开发技术关系中技术秘密权归属的一般原则，依法律规定，均可由当事各方的协议或合同约定加以改变。
(1)委托关系。
如无约定，技术秘密权应归研究开发人所有，但双方可事先约定或事后协商，使权利归双方共有，或由委托人所有。出现这种协议的原因，在于委托人开发目的需要。一方面，委托人投资开发项目，有相当一部分是想以项目产品占领市场。如果不允许委托人共享或单独享有技术秘密权，无异于让委托人出钱，培养自己的竞争对手。另一方面，委托人进行投资，根据民法典第八百五十八条第一款规定，分担了项目开发不成功的风险。为了鼓励开发新技术的风险投资，也应允许委托人共享或独享成果。
委托完成的技术秘密，其所有权是由研究开发人或委托人独享，还是由双方共享，最终取决于双方的谈判地位，看谁更需要建立、维持这种委托开发技术的关系。
(2)合作关系。
如无约定，技术秘密权应由合作开发各方共有，也可通过合同约定，进行技术秘密转让许可或申请专利时，权利归其中一方或少数几方。出现这种个别情况的原因，在于虽同属合作方，但风险、贡献有大有小，如果不允许风险、贡献大的一方或几方有权进行技术转让或申请专利，协作就无法开展。
以上可见，合作、委托关系中的合同、协议不是一个简单问题，一定要认真对待，以免协议和合同约定对己不利，或由于没有约定，致使上述法律“一般原则”发生效力，对方又寸步不让，自己则后悔莫及。
