犯罪分子刑罚的轻重，应当与其所犯罪行相适应。重罪重判，轻罪轻判，罪行相称，罚当其罪。单位犯罪也不例外，根据我国《刑法》的规定，对单位犯罪实行的是以两罚制为主，单罚制为辅的处罚原则。
1、单位犯罪的两罚制我国《刑法》对单位犯罪的处罚绝大多数是采取两罚制，也就是对单位处以罚金刑，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员处以自由刑或罚金和没收财产。
对单位判处罚金的，采用的是无限额罚金，也就是对罚金的具体数额未加以明确规定。那么在司法实践中，笔者认为：应当根据单位犯罪行为所造成的危害结果、犯罪情节、手段以及被处罚单位的执行能力等具体情况，酌定考虑适用罚金的数额。对于一次性缴纳罚金确有困难的，还可以判令其分期缴纳。
对直接负责的主管人员和其他直接负责人员处以刑罚时，主要是以自由刑为主，当然也有适用罚金和没收财产的。在适用自由刑时，大部分与个人犯罪的刑罚相同，一部分低于个人犯罪的刑罚。
实行两罚制是对单位犯罪行为的综合性的全面处罚，能够反映出对单位犯罪的全面否定(既否定单位，又否定作出决策行为和实施行为的直接责任人员)，如果法律规定只实行单罚制，将不利于遏制单位犯罪。
2、单位犯罪的单罚制在我国《刑法》分则中有少量条文对单位犯罪只规定了对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行处罚，对单位不适用刑罚。这是因为：犯罪虽然是以单位的形式实施的，但实际上社会危害性主要体现在个人的行为上，如果个人不实施具体的犯罪行为，也就不会产生这种危害的结果。所以，在某些情况下，只要处罚单位中的直接负责的主管人员和直接责任人员就可以了，而没有必要在对进行处罚。
在对单位犯罪的处罚中，还存在一个直接负责的主管人员和其他直接责任人员是否区分主犯、从犯的问题。在一个单位犯罪案件中，如果同时存在直接负责的主管人员和其他直接责任人员的，在一般情况下前者比后者的作用大，前者可以认定为主犯，后者可以认定为从犯。但直接负责的主管人员和其他直接责任人员不是当然的主犯与从犯关系。
