1.二者适用的目的不同。适用法人格否认法理是为了完全否认子公司的独立法人资格，让母公司(股东)直接承担责任;而适用从属求偿原则是为了限制母公司的受偿顺位。
2.二者适用的领域不同。法人格否认不仅在破产法领域适用，而且还在民法典、侵权行为法以及税法、反不正当竞争法等领域被广泛地适用;但从属求偿原则一般仅在破产法领域适用，尽管台湾法律规定该原则适用于破产、和解以及按公司法进行的公司重整或特别清算程序，但毕竟它的适用范围是远远不如前者广泛的。或许，我们还有必要进一步探讨为什么不能套用公司法人格否认法理来解释或取代从属求偿原则的问题。我认为，这主要是基于以下理由：
1.法人格否认法理的核心是否定子公司的独立人格，并在此基础上，让母公司对破产的子公司的债务承担直接责任。从这个意义上讲，法院针对母公司向破产子公司提出的求偿要求是绝对拒绝的。这是因为，如果法院认为子公司不是独立存在的实体，母、子公司被看作是一体时，母公司的求偿将被看作是基于自身向自身提出的，这是法理上都不允许的。这时法院需要考虑的问题是母公司求偿的有效性问题，而不再是求偿的顺位问题了。而从属求偿原则解决的却是母公司的求偿顺位问题。
2.如果用法人格否认法理来解释，必然会出现逻辑上的矛盾。适用法人格否认法理，必然以否定子公司的独立法人资格为要件，但既然子公司连法人资格都不存在，在我国破产法规定只有具备法人资格的企业才能破产的时候，怎么又能让子公司破产呢?3.作为子公司的外部债权人来说，以从属求偿原则为由，主张母公司劣后受偿，往往正是由于缺乏足够理由说服法院完全否认子公司的法人资格。否则，如果能有足够理由使法院否认子公司的法人资格，就可以迳行向母公司要求承担直接责任，这样不是更有利于充分保障外部债权人的利益吗?
