借款和欠款的诉讼时效的主要共同点：有约定从约定。主要不同点：借款时效启动需权利人主张，欠款时效启动无需权利人另行主张。
存在差异的原因何在?为什么容易混淆?现从各自的法律关系的角度来分析一下。借款所体现的法律关系是借款民法典律关系，既是合同关系，当事人意思自治，当然当事人对诉讼时效的何时启动选择权。这是易于理解，没有争议的。再看欠款，欠款是否是法律关系呢?对比借款法律关系可以看出，欠款不是一种法律关系，而是一种事实状态，法律后果。借款与欠款放在一起看,存在逻辑关系。换句话说,某一法律关系可以产生欠款关系，法律关系是因,欠款是果。如借款法律关系可引起欠款，买卖合同关系可导致欠款。由此看来，欠款能反映一定的法律关系，但本身不是法律关系，而借款能直接体现法律关系。再则，怎样认识欠款是种结果状态?如前所述，欠款是当事人对法律关系的确认的后果，即一方当事人享有对另一方当事人给付请求权利，权利人的权利表彰其中，自然是当事人主张权利后的结果。所以，欠款中的权利人通过主张权利才产生欠款的结果，因此在诉讼时效的起算上，无需当事人再行主张。
在民事案件中，也常有将欠款与借款混淆的情况。案件的案由是法律关系表现形式，常有将欠款误为案由的情况。对于处于案件来讲有简化了，但质则隐匿了案件的法律关系。更有认为欠款是是欠款法律关系，欠款合同者，都是在法律关系问题上犯了将现象作本质的错误。
