(一)城镇土地使用税与耕地占用税的征税范围衔接
为避免对一块土地同时征收耕地占用税和城镇土地使用税，税法规定，凡是缴纳了耕地占用税的，从批准征用之日起满1年后征收城镇土地使用税;征用非耕地因不需要缴纳耕地占用税，应从批准征用之次月起征收城镇土地使用税。
(二)免税单位与纳税单位之间元偿使用的土地
对免税单位无偿使用纳税单位的土地(如公安、海关等单位使用铁路、民航等单位的土地)，免征城镇土地使用税;对纳税单位元偿使用免税单位的土地，纳税单位应照章缴纳城镇土地使用税。
(三)房地产开发公司开发建造商品房的用地
房地产开发公司开发建造商品房的用地，除经批准开发建设经济适用房的用地外，对各类房地产开发用地一律不得减免城镇土地使用税。
(四)缴纳农业税的土地
凡在开征范围内的土地，除直接用于农、林、牧、渔业，按规定免予征税以外，不论是否缴纳农业税，均应照章征收城镇土地使用税。
(五)基建项目在建期间的用地
对基建项目在建期间使用的土地，原则上应征收城镇土地使用税。但对有些基建项目，特别是国家产业政策扶持发展的大型基建项目占地面积大，建设周期长，在建期间又没有经营收入，为了照顾其实际情况，对纳税人纳税确有困难的，可由各省、自治区、直辖市税务局根据具体情况予以免征或减征城镇土地使用税;对已经完工或已经使用的建设项目，其用地应照章征收城镇土地使用税。
(六)城镇内的集贸市场(农贸市场)用地
城镇内的集贸市场(农贸市场)用地，按规定应征收城镇土地使用税。为了促进集贸市场的发展及照顾各地的不同情况各省、自治区、直辖市税务局可根据具体情况，自行确定对集贸市场用地征收或者免征城镇土地使用税。
(七)防火、防爆、防毒等安全防范用地
对于各类危险品仓库、厂房所需的防火、防爆、防毒等安全防范用地，可由各省、自治区、直辖市税务局确定，暂免征收城镇土地使用税;对仓库库区、厂房本身用地，应依法征收城镇土地使用税。
(八)关闭、撤销的企业占地
企业关闭、撤销后，其占地未作他用的，经各省、自治区、直辖市税务局批准，可暂免征收城镇土地使用税;如土地转让给其他单位使用或企业重新用于生产经营的，应依照规定征收城镇土地使用税。
(九)搬迁企业的用地
1.自2004年7月1日起，企业搬迁后原场地不使用的、企业范围内荒山等尚未利用的土地，免征城镇土地使用税。免征税额由企业在申报缴纳城镇土地使用税时自行计算扣除，并在申报表附表或备注栏中作相应说明。
