一、运输合同纠纷怎么处理?
运输合同纠纷一般有四种途径，即当事人协商解决、调解、仲裁和诉讼。
1、协商
运输合同纠纷出现后，大多数情况下，合同当事人双方会考虑到多年良好的合作关系和商业因素，互相退一步，争取友好协商调解，在此基础上达成和解协议，解决纠纷。这是最佳的方式。
2、调解
但也会有一部分纠纷经过双方较长时间协商还是无法解决的，可以要求有关机构调解，如果一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、仲裁
合同当事人协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。仲裁是一种重要的纠纷解决手段。
4、诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，则通过法院进行诉讼是解决纠纷最终的途径。运输合同纠纷可以按照我国的诉讼程序，由一方或双方向有管辖权的法院起诉，然后由法院根据适用法律和事实进行审理，最后作出判决。
二、运输合同中各当事人都有哪些义务?
(一)承运人的义务
1.承运人在约定期间或者合理期间内将旅客、货物安全运到约定地点
此为承运人的主合同义务，即在约定期限或者合理期限内将旅客、货物安全运输到约定地点。其中，“约定期限”可以根据双方当事人的合意确定，而如何确定将旅客、货物安全运输到约定地点的“合理期限”成为实践难点。期限是否合理，需要结合案件的具体情况，从通常的管理等角度，衡量承运人所最终耗费的运输期限是否“合理”。
2.承运人应当按照约定的或者通常的运输路线运送旅客、货物
运输路线是承运人承担运输业务所需经过的路线。就承运人在运输中路线的选择而言，其可以按照双方当事人的约定，也可以按照“通常的运输路线”。实践中，在铁路、公路、航空、水运等领域，运输主管部门和运输企业为了运输安全、便利和快捷，对运输路线往往都有统筹的计划和安排。运输路线的选择，影响着客货的运输时间，故承运人负有按通常的运输路线将旅客、货物运输到约定地点的义务。
(二)旅客、托运人或者收货人的义务
旅客、托运人或者收货人应当按照约定支付票款或者运费。旅客、托运人或者收货人的主要义务就是支付票款或者运输费用，这一费用通常在事前已由其与承运人协商一致，或其接受承运人所公示的收费标准。但是，如果承运人未按照约定路线或者通常路线运输，导致票款或者运输费用额外增加的，旅客、托运人或者收货人可以拒绝支付增加部分的票款或者运输费用。如双方对运输线路约定不明，承运人必须按照“通常线路”来完成其运输义务。此种情况下，承运人所遵循的运输路线是否是“通常路线”、是否存在“绕道”等现象，同样要根据行业惯例等因素予以判断。
与他人签署了运输合同的当事人，需要遵守合同的约定，履行自己的义务，若是不履行义务、或者是实施了违反合同的行为，且该行为导致另一方运输合同当事人的合法权益受损，那么违规的一方，则可能需要承担支付赔偿、继续履行合同等的相关义务。
