一、对具体行政行为是否合法承担举证责任
《行政诉讼法》第34条规定：“被告对作出的具体行政行为负有举证责任，应当提供作出该具体行政行为的证据和所依据的规范性文件;”《解释》规定：“在行政诉讼中，被告对其作出的具体行政行为承担举证责任。被告应当在收到起诉状副本之日10内提交答辩状，并提供作出具体行政行为时的证据、依据;被告不提供或者无正当理由逾期提供的，应当认定该具体行政行为没有证据、依据。”
行政诉讼法规定由被告对其作出的具体行政行为承担举证责任，主要是基于以下原因：
第一，行政机关应当先取证后裁决，以证据证明具体行政行为认定的事实，以法律为依据作出处理决定，而不能在没有证据的情况下，对相对人作出具体行政行为。当行政机关作出的具体行政行为被诉诸法院时，被告应当有充分的证据证明其行为的合法性。
第二，在行政法律关系中，行政机关处于主动地位，其实施行为时一般无须征得公民、法人或其他组织的同意，具有主动执法的权利，根据权利义务平等的原则，在行政诉讼法律关系中，行政机关应当负有举证的义务，这样才能体现双方当事人平等的法律地位。
二、对原告起诉是否超过法定起诉期限承担举证责任
《规定》与《解释》规定原告应当对其符合起诉条件承担举证责任，“但被告认为原告超过诉讼期限的除外。”根据这些规定，被告认为原告超过法定期限的，由被告承担举证责任。即在诉讼过程中，被告提出原告超过起诉期限的主张，应当由被告对其主张承担举证责任。也就是说，如果被告无法证明原告超过起诉期限的，法院应当认定原告没有超过起诉期限，而无需由原告进一步证明起诉符合法定的条件。
例如，某行政机关于3月1日作出一个处罚决定，某公民于7月1日向法院提起诉讼。该公民在起诉的时候，向法院提供证人证言，证明其于4月1日收到该行政机关的处罚决定书。法院经审查起诉材料，认为该公民初步证明了其符合起诉条件，决定受理此案。但在诉讼过程中，被告主张原告已经超过起诉期限，被告应当就自己的认为原告超过法定起诉期限的主张承担举证责任。这同样符合“谁主张，谁举证”的原则。
《规定》没有明确规定该条是否适用于不作为的案件。笔者认为，在起诉被告不作为的案件中，被告认为原告超过起诉期限的，同样应当由被告承担举证责任。例如，某公民需要某公安机关的救助，打电话给公安机关。但公安机关接到电话后，没有作出任何反应，致使该公民的合法财产遭受损害。于是该公民向法院提起诉讼。但公安机关认为该公民起诉超过起诉期限。而该公民认为自己没有超过起诉期限。在这种情况下，同样应当由被告承担举证责任。如被告向法院提供电话记录，以证明原告是在打电话两年后提起诉讼，超过了法定的起诉期限。
三、对部分行政许可申请人是否符合申请条件承担举证责任
在行政许可领域，应当区分许可事项是否对公众安全存在重大隐患，并以此区分举证责任的分配。许可涉及事项对公众安全不存有重大隐患时，行政机关拒绝申请人(原告)申请的，由被告行政机关就原告的申请不符合法定条件承担举证责任。这是因为许可不是行政机关对申请人的恩赐，而是对原属于公民的权利的恢复。法律所设定的禁止在于确保行政机关审查程序的实施，实体上自始就保留许可的可能性，设定许可制度的目的只是在于由行政机关预防性控制社会生活。
因此，许可决定是公民一般行为自由的恢复，赋予公民的是公民原本享有的权利。如果行政机关拒绝公民的申请，实质上构成对公民人身权、财产权的侵害，根据依法行政原则的要求，行政机关在作出拒绝决定时必须符合法定拒绝的条件。在行政诉讼中应由行政机关就申请人(原告)不具备许可的法定条件承担举证责任。但如果许可事项对公众安全存在重大隐患时，应由原告对其是否具备许可条件承担举证责任。
四、对部分行政赔偿的损害是否由其造成的承担举证责任
《行政诉讼法》和《国家赔偿法》没有规定行政赔偿案件的举证责任，按照《解释》和《规定》的规定，对行政机关的加害行为是否存在，损害是否由加害行为造成的均由原告承担举证责任。笔者认为，这种一律由原告承担举证责任的规定不符合举证责任分配的原理，而且对原告不利。在下列情况下，原告举证会非常困难，此时应由被告承担举证责任。
1、对其是否实施了非法剥夺限制公民人身自由的行为承担举证责任
限制人身自由的行政诉讼案件，由于被诉行为对行政相对人的侵害较为严重，行政主体与相对人之间矛盾尖锐，实践中发案率也较高，因此是行政诉讼中一种重要的案件类型。笔者认为此类案件应当由被告对其是否实施了非法剥夺公民人身自由的行为承担举证责任。如果被告否定实施了非法羁押行为，则其应当提供证据证明。不能证明的，则应认定为非法羁押行为存在。因为，在法治国家中，行政机关实施剥夺、限制公民人身自由的行为，就其程序而言，应当出具书面决定书。
但在实践中，有的行政机关实施了非法羁押公民的行为，却不出具任何的书面决定书，导致公民起诉时对行政机关的非法羁押行为无法证明。因此，此类案件应当由被告承担举证责任，如果行政机关不能证明，则应认定非法羁押行为存在。如原告甲对被告某公安局对其给予行政拘留的行政处罚不服，向人民法院起诉并请求公安机关赔偿限制人身自由造成的损害。则某公安局应对是否对甲有限制人身自由的行为向法院提供处罚的法律依据。如果公安局逾期不提供证据，或者无法提供证据，则法院不应要求甲来证明违法的事实是否存在，直接可以据此裁决公安局的拘留行为存在。
2、对处于其监管中的公民伤亡、失踪的原因承担举证责任
公民在失去人身自由、处于行政机关监管过程中死亡、失踪、身体受到伤害的，应当由行政机关就公民的死亡、失踪、身体受到伤害不是由其行为造成的承担举证责任。如果行政机关不能证明损害是因为公民自己的行为或同室关押人员造成，或者具备其他免责情形，应当认定损害是由行政机关造成的，行政机关应当承担赔偿责任。如公民某甲行政拘留期满从看守所出来时身上有多处伤痕，声称是在拘留期间被看守人员殴打造成的，要求赔偿。此种情形就应该由被告就损害事实承担举证责任。
因为在此种情形下，原告人身自由处于被告控制之下，而且要听从其管理，要求原告证明伤害由看守人员所为事实上不可能。在原告人身处于被告严格控制时，被告具有更强的举证能力，应由被告而非原告对此承担举证责任。
