对运输毒品犯罪案件被告人的处刑，应当根据刑法第六十一条规定的量刑原则“对于犯罪分子决定刑罚的时候，应当根据犯罪事实、犯罪的性质、情节和对于社会的危害程度，依照本法的有关规定判处”，结合案件的具体情况，如运输毒品的数量、对所运输毒品的明知程度、主观恶性程度以及其他情节，依法判处刑罚。只有坚持这一原则，才能做到罪刑相适应。
1、毒品数量对运输毒品案件量刑的影响
由于毒品数量与毒品的危害有着直接的关系，毒品数量越多，其危害性就越大，因此毒品数量一般都被用来作为决定刑罚轻重的重要标准。虽然刑法将毒品数量作为量刑的重要标准，但是数量不是决定刑罚轻重的唯一标准，不能唯数量论。除毒品数量外，还需要结合案件的具体情况，考虑犯罪的事实、犯罪的性质、情节以及对社会的危害程度。对于非单纯性的运输毒品案件适用死刑的数量标准可以与走私、制造、贩卖毒品案件的相同，而对于单纯性的运输毒品案件适用死刑的数量标准，笔者认为，在最高法院没有具体规定之前，为了更好的贯彻少杀、慎杀的死刑政策，对此类案件适用刑罚的上限应当以适用死缓为原则，以适用死刑为例外。
另外，还可以将单纯性的运输毒品案件中海洛因或者甲基苯丙胺数量在五十克以上一定幅度内不宜判处无期徒刑的案件交由基层法院管辖，从而可以使中级法院、高级法院能更好的集中有限的刑事审判力量办好死刑案件，以确保死刑案件一、二审质量。
2、共同犯罪中的量刑问题
在运输毒品犯罪案件中，共同犯罪所占比例是比较大的。从某铁路运输中级法院近年来审理的运输毒品案件统计数据可以看到：
在运输毒品共同犯罪案件中，对同一案件被告人之间的量刑一定要保持平衡。中国社会传统在适用死刑上有“不绝其嗣”的观念，为保证案件的法律效果和社会效果相统一，在对运输毒品案件中共同犯罪的家庭成员量刑时，要根据各成员的地位、作用及对社会的危害程度，尽量有所区别，不宜不加区别地对多名家庭成员同时适用死刑。对起主要作用的家庭成员判处死刑，其他人员能不判死刑立即执行的，应尽可能不判处。在共同运输毒品的犯罪中，仅实施携带、运输行为的被告人的地位作用是次于实施带领、监督作用的被告人的，能够区分出主从犯的要尽量区分，并在量刑时拉开差距。对于刑事责任分散区分不出主从犯的，在量刑时也要对二者适当拉开差距。
对于共同犯罪案件中如果仅有部分被告人到案，另有部分在逃的情况，在审判实践中不占少数。这类情形的处理，《全国法院审理毒品犯罪案件工作座谈会纪要》有明确的规定：“对于确有证据证明在共同犯罪中起次要或者辅助作用的，不能因为其他共同犯罪人未归案而不认定为从犯，甚至将其认定为主犯或按主犯处罚。”由此可见，对于确有证据证明，被告人在共同犯罪中的地位、作用与其他未归案的犯罪人比较相对次要的，在量刑时应当有所体现。如果在案证据不能确实、充分地证明被告人在共同犯罪中的地位、作用时，应当根据“疑义有利被告”的基本法理作出认定与处理。如果有证据表明，在共同犯罪中被告人即使是主犯，但与其他未归案的主犯相比其地位、作用考可能还要相对次要的，除非案件性质、危害极其严重，在量刑时也要有所区别，以体现区别对待，实现量刑平衡。
3、立功对量刑的影响
在运输毒品犯罪中，经常遇到这样一种现象，即运输毒品的组织指挥者、犯罪集团的首要分子、共同犯罪的主犯等，往往掌握着许多从犯、马-仔的犯罪线索，被抓获后即检举、揭发或者协助抓捕从犯、马-仔，获得立功甚至重大立功，而从犯、马-仔却很难获得立功机会。由此就会造成从犯、马-仔被判死刑的可能性反而比主犯大得多，这不符合刑法规定立功的本义。因此，对于运输毒品的共同犯罪中主犯检举同案从犯、毒枭检举下线的立功是从轻或者减轻处罚，要结合其罪行的严重程度综合考虑，并要充分考虑共同犯罪人之间的量刑平衡。如果本身罪行极其严重，或者协助抓获的只是同案中的从犯、马-仔的，功不一定能抵罪，不一定足以从宽处罚，如果是检举其他犯罪构成立功的则应当从宽处罚。如果是毒品下线或者从犯、马-仔检举毒品上线或者主犯的，对其从宽的幅度就应当大一些，从而体现裁判的公平正义，实现社会效果和法律效果的统一。
4、自首对量刑的影响
自首是被告人愿意接受司法机关处理的表现，是其认罪、悔罪的表现。实践中，运输毒品的犯罪嫌疑人在面临查缉无法躲避的情况下，为了减轻罪责而自首的现象比较多，对于这种自首，要充分考虑其现实的悔罪态度，对其不宜适用减轻处罚，适用从轻处罚的幅度也不宜过大。
5、毒品含量鉴定问题对量刑的影响
刑法规定毒品数量不以纯度折算，但是“不以纯度折算”并不意味着不对毒品进行定量分析，在根据毒品数量确定相应的法定刑幅度后，含量和纯度是进一步选择刑种和刑期长短的重要依据之一。因此，定量分析应与定性分析一样，成为毒品犯罪案件审理过程中不可缺少的证据内容。[1]笔者认为，对毒品的定量分析是正确适用刑罚的前提之一。在对毒品犯罪分子量刑时，不能不考虑毒品含量大小所造成的不同的社会危害程度，从而在量刑时有所区别。在审判实践中，毒品掺假问题影响适用刑罚的情况比较多。对于这个问题，应当结合我国目前的刑事政策、毒品犯罪态势辨证地看待。由于刑法规定毒品数量不以纯度折算，实践中有时公安机关没有作毒品含量鉴定，还有到了审判阶段经过法院提出后仍不能鉴定的。对这个问题，笔者认为既不能过于苛求鉴定，也不能一概不理。对于毒品数量不大不会适用重刑的案件，考虑到诉讼经济和效率问题，只要经鉴定确系毒品的，可以不作含量鉴定。但是对于毒品数量大，可能判处重刑的案件，有证据证明有大量掺假的或者根据现有证据不能排除有大量掺假可能的，就应当要求作定性和含量鉴定。因为纯度越高的毒品，其毒性、成瘾性和依赖性越大，对人体健康的危害程度也越大。毒品纯度越高，往往表明越接近毒品犯罪的源头，运输或者组织运输该毒品的人就越可能是大毒枭，这些人应是重点打击的对象。如果不进行含量鉴定，就难以分辨出这些犯罪分子对他们实施重点打击。且在司法实践中，已经出现了个别公安人员为破案、立功而人为制造虚假毒品案件的现象。如果不作含量鉴定，讲难以识破、避免此类案件的发生。对经过鉴定毒品含量较低或者极低的，对于掺假后毒品数量才达到或者超过死刑数量标准的，对新型混合型毒品不能作含量鉴定的，在处重刑上都要留有余地，原则上不要适用死刑立即执行。
6、诱惑侦查对量刑的影响
诱惑侦查，是指侦查人员亲自或者指使侦查协助人员(秘密力量)设立某种诱发犯罪的情景，或者为实施犯罪提供条件或机会，促使第三者(违法嫌疑人)实施犯罪，当第三者实施犯罪时将其拘捕，从而侦破案件的侦查方法。[2]通过技侦手段、特勤引诱侦破毒品案件是目前缉毒工作的一种通常做法。对于确有证据证明存在数量引诱的，如果加上引诱犯罪的毒品数量才超过判处死刑标准的，一般不应判处死刑立即执行。如发案明显不正常，不能排除特勤引诱可能的，适用重刑要留有余地。
