1.初步确定兼并方和被兼并方企业
兼并方和被兼并方企业一般通过产权市场或者直接洽谈的方式予以初步确定，实践中，由于现有产权市场存在诸多不规范之处，因此采取直接洽谈或者自找对象确定兼并方和被兼并方的情形较为常见。
2.清产核资和财务审计
企业采取兼并形式进行改制的，应当对被兼并方企业各类资产、负债进行全面、认真的清查，以清理债权、债务关系。要按照“谁投资、谁所有、谁受益”的原则，核实和界定国有资本金及其权益，以防止国有资产在兼并中流失。
企业兼并，必须由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计。如果经过兼并，企业改制为非国有制企业，还要对企业的法定代表人进行离任审计。被兼并企业必须按照有关规定向会计师事务所或者政府审计部门提供有关财务会计资料和文件。
3.资产评估
企业采取兼并形式进行改制的，必须按照《国有资产评估管理办法》的规定，对资产实施评估。对于兼并方企业在兼并过程中转换成股份制企业的，也要进行资产评估，以防止国有资产流失。资产评估的范围包括固定资产、流动资产、无形资产(包括知识产权和商誉，但是不包括以无形资产对待的国有土地使用权)和其他资产。对于非国有投资者兼并企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所对资产进行评估。对于其他形式的兼并，应当按照《国有资产评估管理办法》的规定，对国有资产实施评估。
首先，被兼并企业应当向国有资产管理行政主管部门申请评估立项，并呈交财产目录和有关的会计报表等资料。然后，由国有资产管理行政主管部门进行审核。如果国有资产行政主管部门准予评估立项的，申请单位应当委托资产评估机构进行评估。按照现行法规及其政策的规定，持有国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产评估资格证书的资产评估公司、会计师事务所、审计事务所、财务咨询公司，以及经国务院或者省、自治区、直辖市人民政府国有资产管理行政主管部门认可临时评估机构，可以从事国有资产的评估工作，被兼并企业应当委托上述单位进行资产评估，对于委托不属于上述机构进行资产评估的，不予认可。资产评估机构接受委托进行资产的评定和估算后，要向委托单位提出资产评估结果报告书。最后，委托单位将资产评估报告书报其主管部门审查，主管部门审查同意后，报同级国有资产管理行政主管部门确认资产评估结果。经过确认的资产评估结果，国有资产管理行政主管部门应当下达确认通知书。没有进行资产评估而签订出售协议的，应当认定协议无效。
4.确定产权底价
被兼并企业应当以有关主管部门确认的评估值为依据，合理确定出售底价。并可以通过招标、投标的方式确定成交价。成交价不得低于底价(但是允许成交价在底价的基础上有一定幅度的浮动，如果浮动价低于评估价的90%，要经过同级国有资产管理部门的批准)未按照规定进行评估的，一律不予办理产权变动手续。以招标、投标方式确定成交价的，应当依照《招标投标法》的规定处理。对于自找对象的企业兼并，可以协商议价，但是议价不得低于评估值所确认的底价。被兼并的企业属于全民所有制企业性质的，成交价应当由国有资产管理部门予以确认。
5.签署兼并协议和转让价款管理
成交价确定后，兼并双方的所有者应当签订兼并协议。全民所有制企业被兼并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准。尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。为了使兼并工作顺利进行，应当征求被兼并方企业职工的意见，并做好职工的思想工作。职工不同意兼并，不影响兼并协议的效力。集体所有制企业被兼并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。集体所有制企业被兼并未经职工代表大会通过的，兼并协议不生效。因未获通过导致兼并协议无效的，按照合同法有关缔约过失责任的规定处理，兼并企业也可以就其所受的损失主张赔偿。
已经实行承包或者租赁制的企业，在确定其被兼并时，应当按照有关规定办理中止合同的手续。在没有办理中止合同手续之前，企业不得兼并。
企业实施兼并的，按照有关法律、法规的规定，兼并方应当一次性支付价款;一次性支付价款确有困难的，经过双方协商，并经依照有关规定批准国有企业改制和转让国有产权的单位批准，可以分期支付价款。分期支付价款的，首期付款额不得低于价款的30%，其余价款应当由受让方提供合法的担保，并在首期付款之日起一年内支付完毕。未付价款部分参照银行贷款利率由购买者向出售方支付利息。转让国有产权的价款优先用于支付解除劳动合同职工的经济补偿金和移交社会保障机构管理职工的社会保险费，以及偿还拖欠职工的债务和企业欠缴的社会保险费，剩余价款按照有关规定处理。
此外，为了保护债权金融机构的利益，《关于规范国有企业改制工作的意见》的规定，在改制过程中，必须要征得债权金融机构的同意，保全金融债权，依法落实金融债务，国有企业才能改制。金融债务未落实的企业，不得进行改制。
企业兼并协议自当事人签字盖章之日起生效。需要经政府主管部门批准的，兼并协议自批准之日起生效;未经批准的，企业兼并协议不生效。但是依照合同法及其有关司法解释的规定，当事人在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，兼并协议有效。
6.办理产权转让的清算手续和法律手续
被兼并方企业产权转让的收入，归该企业的产权所有者。如果被兼并方企业是全民所有制，其净收入除国家另有规定外，由国有资产管理部门解缴国库。如果被兼并企业属于集体所有制，其净收入按照产权归属分别归不同的所有者。
企业被兼并后，应当按照法律、法规的规定办理产权变动登记(包括被兼并企业向国有资产管理部门办理产权变动或者注销登记)和税务变更登记;土地管理部门同时为兼并企业办理土地使用权权属证书，如果被兼并企业的用地属于国有划拨的土地，兼并企业还应当按照房地产法的规定与县级以上人民政府重新签订国有土地使用权出让合同。
企业被兼并后，如果属于企业合并的，合并企业应当及时办理被兼并企业的法人注销登记，没有办理注销登记，协议已经履行的，不影响兼并协议的效力和兼并企业对被兼并企业债权债务的承担。属于控股式兼并的，新设企业应当办理法人变更登记。
7.权利义务的承担和职工的安置
对于合并式兼并，兼并企业应当承继被兼并企业的债权和债务。在合并过程中，如果当事人履行了债权人保护程序，债权人未在债权人保护程序确定的期限内申报债权，则不能向兼并方主张债权;如果当事人未履行债权人保护程序而进行企业兼并的，则兼并方应当承担被兼并方的负债。此外，在吸收合并的情形下，如果被兼并企业的管理人隐瞒或者遗漏企业债务的，如果债权人在债权人保护程序确定的期限内申报了债权，应当由兼并企业承担申报的该笔债权。如果债权人未在债权人保护程序确定的期限内申报债权，则兼并企业不承担该笔债权的清偿，被兼并企业的出资人负有对该笔债权的清偿责任。
对于控股式兼并，由于被兼并企业仍然法人主体资格并未消灭，因此，被控股企业的债务，仍由被兼并企业承担。当然，如果控股企业抽逃资金、逃避债务，致使被控股企业无力偿还债务的除外。
被兼并方的职工原则上由兼并企业接收。
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