仲裁协议的独立性，或称仲裁协议的独立原则，是指这样一种情况：仲裁协议-主要是合同中的仲裁条款，与合同应被看作是两个不同的单独的协议，仲裁条款独立于合同的其它条款而存在，不因合同其它条款的无效而无效，也不因合同本身的存在与否受到任何影响。这通常称作仲裁协议或仲裁条款的可分割性或自主性理论。
仲裁条款的订立会产生这样两个结果：1、由于仲裁条款被看作是与主合同或基础合同完全不同的两个单独的协议，具有独立的性质，在主合同或基础合同被确认无效的情况下，仲裁条款可以独立于主合同或基础合同而单独存在。甚至在主合同或基础合同不存在的情况下，仲裁条款依然可以存在。
2、既然仲裁条款独立于主合同或基础合同而独立存在，那么仲裁条款与主合同或基础合同可能会受不同的法律调整。尤其在国际仲裁活动中。
仲裁协议独立性既是理论问题又是实践问题。在提请仲裁的事项中，有些案件涉及主合同无效.如果按照一般的推理，主合同无效，主合同中的某一具体条款也就当然无效。但是在订有仲裁条款的情况下，仲裁庭却可以依据仲裁条款对合同的无效问题进行审理，并作出主合同有效或者无效的裁决。我国《仲裁法》第十九条已明确规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。”说明我国在立法中已经接受了仲裁条款独立原则。但在实践中，常常出现这方面的问题。例如无法人资格的法人分支机构对外签订合同，遇有纠纷提起仲裁时，仲裁庭是否有权受理、裁决该类案件，仲裁庭受理并作出裁决后，人民法院能否应一方当事人的申请，对这类案件作出仲裁庭无权受理的撤销裁定或裁定不予执行?
在理论研究方面，仲裁协议的独立性涉及对仲裁协议性质的认识，仲裁协议与主合同的关系等一系列问题。
仲裁协议独立性或称独立原则，在涉及不同的法律关系和不同的案件情况时，表现出相当复杂的特性，有必要对此进行分析，以便进一步研究。
1、主合同无效情况下仲裁条款的独立性
传统的观点认为，仲裁协议也属于一种合同，而且是次合同性质。仲裁条款是含有该条款的主合同的不可分的一部分，主合同无效，合同中的仲裁条款也理应无效。因为有效合同是仲裁条款的基础。按照这种观点，如果在提起仲裁申请后的抗辩中主张主合同无效，仲裁员的管辖权就成为问题。这对于希望避开仲裁程序的一方当事人来说，只要提出合同无效的异议，就可轻而易举地达到目的。但在仲裁协议独立原则下，仲裁庭、仲裁员却可以不理会这方面的异议，就案件的实质问题进行审理，包括对主合同是否有效的问题进行审理，并最终作出裁决。
但是在订立合同的主体不合格的情况下，情况就更为复杂。例如主体是不具有民事行为能力的人，不具有签订合同的能力，也就不具有签订合同中某一条款的能力。这种情况下，其于签订合同和合同中的仲裁条款时均不具有行为能力，不能依据仲裁条款独立原则确立仲裁庭对主合同是否有效问题的审理权。而在不具备法人资格的法人下属机构对外签订的合同中订有仲裁条款的情况下，仲裁庭却可以对主合同是否有效的问题进行审理，包括裁决由法人承担其下属机构的责任。因为法人的下属机构虽无资格签订合同，但在意思表示上不存在障碍，这与自然人无行为能力的情况不同。为保护相对人的利益，应由有责任能力的法人承担其下属机构的责任，合同中的仲裁条款视为独立存在。
在我国还有一种学说认为仲裁条款是否有效依赖于主合同变为无效的时间。如果合同在签订时有效，只是后来由于某种原因成为无效，仲裁条款的有效性就不会因此而受到影响;但是如果主合同自始无效，则仲裁条款就不可能有效地存在。对此种学说持反对意见的则认为，主合同是否无效以及主合同无效的时间，关系到双方当事人的重要权益，是只有经过仲裁的审理才可能最后确定的，如果不赋予仲裁庭依仲裁条款独立性而取得的对案件的审理权，如何能够确定主合同无效的时间?
2、主合同不存在情况下仲裁条款的独立性
在主合同可能不存在的情况下，仲裁条款是否还能够独立存在，是争议更大的一个问题。按照一般的推理，倘若主合同从来没有有效订立过，仲裁条款是否独立于其他合同条款而有效成立就成为重大疑问。因为从表面证据来看，一个从来就没有成立的合同应当包括其中的仲裁条款，从整体上说没有一个主合同，哪里来的其中的仲裁条款?
但是主合同是否存在的问题也是只有通过审理才能弄清的。在有些情况下，合同是真实存在的，只是一方当事人为了自己的利益而主张合同不存在，如果不对这种情况进行审理并查明后裁决，就使得无理的一方很容易地规避仲裁，有理的一方则丧失了通过仲裁维护利益的权利。
针对前述分割说，不同意见认为，仲裁庭、仲裁员依仲裁条款受理案件的过程，在程序上并不是一个分割的过程。所谓分割必须先有确定的整体，然后才可能从整体中分割出部分。但是在主张合同不存在的场合，是否存在整体都成了疑问，分割就无法进行。据此认为，仲裁庭在受理主合同是否存在的争执时，并不是先看整体的主合同是否完整，然后从中分割出仲裁条款，再确立管辖权的分割过程;而是一个程序继起的过程，是先审查仲裁条款的效力，决定自己是否具有管辖权，再对主合同的整体存在与否作出分析、判断，依双方当事人体现在仲裁条款中的共同意志，对双方作出有约束力的裁决的整体行为。
3、因欺诈签订的主合同无效情况下仲裁条款的独立性
欺诈、欺诈诱导、胁迫他人签订合同的行为，违背签订合同必须意思表示真实的原则，违背合同制度的基础，因而我国《经济合同法》第七条规定“采取欺诈、胁迫等手段所签订的合同”无效。这也是世界各国立法的通例。但是在有关这种合同的仲裁条款是否独立的问题上，却遇到较之前面几种情况更难以解释的矛盾：仲裁条款与主合同一样，都以合议作为订立的基础，主合同因有欺诈等行为，违背自愿原则，使得一方当事人的意思表示不代表真实意愿，这种不表示真实意愿的主合同中的仲裁条款能表示真实意愿吗?在其他情况下，可以用主合同虽然无效，但仲裁条款代表着双方就争议事项提交仲裁为双方的真实意愿来解释它与主合同的区别及独立存在的基础，但在主合同系因欺诈所订的情况下，却不能保证仲裁条款代表双方的真实意愿。例如，欺诈方可能以签订仲裁条款为手段，引诱对方相信其有能力、有诚意完成某项行为，而签订主合同。还有，签订仲裁条款是否具有真实意愿是一件不易证明的事情，需从其他证据推知。欺诈行为是一种故意行为，欺诈方如果在签订仲裁条款时是以真实的意愿将可能因其欺诈行为出现的纠纷提交仲裁员去仲裁，从而决定其欺诈的责任，这种“诚实”的欺诈行为就不是欺诈了。而且从合意的角度看，欺诈方必须将这种“诚实”的欺诈心理告诉对方，使对方知晓，对方也心甘情愿地接受，才能构成真实的合意。但这样也不是欺诈了。可见，按照一般的合同、合意的理论，难以解释这种情况。
