工伤认定中，用人单位与受伤害者对是否存在劳动关系存在争议，就可能启动劳动仲裁程序。
任何一方当事人都可以主动向劳动仲裁机构申请。为了防止工伤认定后当事人再申请仲裁，当事人均未申请的，工伤认定部门应对此予以释明。依据《劳动争议调解仲裁法》，仲裁只能由当事人申请，而不能由工伤认定部门代为申请。
劳动仲裁委对劳动关系的裁决，较之工伤认定程序中的事实认定，更专业更权威。为了避免两个程序产生的结果之间的冲突，必然要寻求协调途径。有观点认为，仲裁申请被受理后工伤认定程序应终止，待仲裁裁决作出后再由受伤害者申请认定。还有观点认为，应中止工伤认定程序。笔者认为，后一观点更可取，劳动关系的仲裁可以取代工伤认定中的事实认定环节，两者没有质的区别。仲裁裁决作出后，工伤认定部门即可在此基础上作出决定，而不必待终止后再行申请。
二、工伤认定程序与劳动仲裁程序的协调
1.两种程序的效力优先
作为民事纠纷的救济途径，仲裁当然应具有更高的效力，但又不能一概否定工伤认定部门对劳动关系事实的认定。如果工伤认定之前已经劳动仲裁，或在工伤认定程序中申请劳动仲裁，仲裁委员会作出劳动关系的仲裁裁决应作为工伤认定的依据。但如果在工伤认定作出后，相对人对其中的劳动关系事实认定不服，又不提起行政诉讼，而是申请劳动仲裁，仲裁裁决恰好又作相反认定的，该裁决是否影响工伤认定决定的效力
笔者认为，应当承认劳动仲裁裁决的权威性。但在工伤行政认定行为生效后再申请对劳动关系仲裁的，不利于行政稳定及效率。这涉及行政效率与民事权利保护的权衡，为了更好地平衡，在工伤认定程序中应注意释明，告知相对人可对劳动关系申请仲裁，征求是否申请，若放弃申请或认定程序结束前仍未申请的，可认为相对人放弃申请仲裁权利，可由工伤认定部门进行事实认定或由工伤认定部门委托劳动仲裁机构出具意见书。对该工伤认定中的事实认定，相对人不得再申请劳动仲裁，只能提起行政诉讼。
2.工伤认定与劳动仲裁的管辖
《工伤保险条例》规定工伤认定须向统筹地区劳动保障行政部门提出工伤认定申请。闽劳社文[2005]253号文件规定，在生产经营地进行工伤认定。该两者分别规定了工伤认定的级别管辖和地域管辖原则。《福建省实施〈工伤保险条例〉办法》第五条又规定：工伤保险基金在设区的市实行全市统筹，并实行省级调剂金制度。因此，工伤认定一般向生产经营地的市级工伤认定部门申请。而根据《企业劳动争议处理条例》第十八条，劳动关系争议的仲裁，由职工当事人工资所在地县级仲裁委员会处理。这样，同一工伤认定案件，如果对劳动关系申请仲裁，则工伤认定与劳动仲裁不论在级别还是地域管辖上都可能存在冲突，两者往往由不同的部门作出。为了方便相对人，可以规定由工伤认定部门所在劳动社会保障部门的仲裁机构，或所在辖区的县级仲裁机构进行仲裁;在相对人不申请仲裁时，可由工伤认定部门向所在劳动社会保障部门的仲裁机构委托出具意见书。
通过上述分析，笔者认为，工伤认定部门对劳动关系可进行形式审查，但不能认为申请材料无法证明劳动关系的存在而不予受理。工伤认定部门可以对劳动关系的存否进行调查核实，并在行政行为的事实认定中予以体现。相对人不服的，可以以事实认定不清为由提起行政诉讼。
工伤认定程序中，劳动关系争议已经仲裁裁决的，工伤认定应以裁决为基础;工伤认定中当事人未申请仲裁的，应告知当事人有权申请仲裁，被受理后工伤认定中止，待裁决作出后恢复认定程序;如果在工伤认定中，当事人经告知后不申请仲裁的，可委托仲裁机构出具意见，之后当事人不得就劳动关系的存否再申请仲裁，也不得对该仲裁机构的意见提起民事诉讼。相对人不申请仲裁的，不影响工伤认定程序的进行，劳动关系仲裁并非工伤认定的前置程序。
