特别程序与普通程序的不同在于：
特别程序：是指人民法院审理某些非民事权益纠纷案件所适用的特殊程序，与此对应的是概念是通常诉讼程序(包括普通程序和简易程序)。适用的案件有两类：一类是选民资格案件，另一类是非讼案件。
普通程序：是指人民法院审理第一审民事诉讼案件时通常所适用的程序。从普通程序的基本结构来看，包括起诉和受理、审理前的准备、开庭审理、诉讼中止和终结、判决和裁定等5个环节。
1、一审终审。它不同于适用普通程序、简易程序审理的民事案件，不是二审终审，而是一审终审。人民法院适用特别程序审理的案件，自判决书送达之日起即发生法律效力，当事人不得上诉。
2、审判组织不同。特别程序原则上采用独任审判制。民事诉讼法规定，依照本章程序审理的案件，实行一审终审。选民资格案件或者重大、疑难的案件，由审判员组成合议庭审理;其他案件由审判员一人独任审理。
3、审限短。特别程序的审限原则上为30日。民事诉讼法规定，人民法院适用特别程序审理的案件，应当在立案之日起30日内或者公告期满后30日内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。但审理选民资格的案件除外。
4、审理的目的不同。在特别程序中，人民法院审理案件的目的是对一定的民事权利或者法律事实加以确认，不解决民事权利义务争议。在普通程序中，人民法院审理的目的是解决民事争议，通过审判保护当事人的民事权益。这两种诉讼目的不同，采用的诉讼形式也不同，因此，民事诉讼法规定，人民法院在依照本章程序审理案件的过程中，发现本案属于民事权益争议的，应当裁定终结特别程序，并告知利害关系人可以另行起诉。
劳动争议仲裁案件的特别审理，是指处理发生争议职工一方在30人以上的集体劳动争议案件时，劳动争议仲裁委员会组成特别仲裁庭进行审理的活动。《仲裁委员会办案规则》第7章对案件特别争议申诉作出以下特别规定：(1)仲裁委员会应自收到集体劳动争议申诉书之日起3日内作出受理或者不予受理的决定。在作出受理决定的同时组成特别仲裁庭，并向当地人民政府汇报.特别仲裁庭由3名以上仲裁员单数组成。(2)县级劳动争议仲裁委员会认为有必要，可将其受理的集体劳动争议案件报请市(地、州、盟)仲裁委员会处理。(3)特别仲裁庭处理集体劳动争议案件，实行就地就近的原则，开庭场所可设在发生争议的用人单位或其他便于办案的地方。(4)特别仲裁庭处理集体劳动争议案件，自组成仲裁庭之日起15日内结束;案情复杂需要延期的，经报仲裁委员会批准，可以适当延期，但延长的期限不得超过15日。(5)调解书或裁决书可直接送达，也可用"布告"形式公布。(6)特别仲裁庭处理集体劳动争议的结果要及时向当地人民政府报告。这主要是考虑到职工一方当事人在30人以上的劳动争议一般来说比较复杂，处理不好，容易造成社会不安定。因此，处理集体劳动争议应特别注意迅速、及时，取得当地人民政府的支持。
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