1.关于法律适用
动车事故赔偿，可提起合同之诉与侵权之诉，区别在于举证责任大小和有无精神损害赔偿。侵权之诉适用法律是，《《侵权责任法》、最高法院《关于审理人身损害赔偿案件适用若干问题的解释》。
2.本事故不适用国务院《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》规定的限额赔偿
在赔偿规定上，《铁路法》与《侵权责任法》特别法与普通法的关系，应优先适用《铁路法》，但《铁路法》没有规定限额赔偿，而国务院的《铁路交通事故应急救援和调查处理条例》规定的限额赔偿，不应适用。理由有四：
(1)作为上位法的《铁路法》没有规定限额赔偿，但作为下位法的《条例》作出限额规定，是行政法规僭越了法律，根据《立法法》的相关规定，是无效条款。
(2)《条例》的限额规定，与基本法《侵权责任法》的全额赔偿抵触而无效。《侵权责任法》确定的原则是全额赔偿，限额赔偿必须有法律的特别规定，譬如航空的限额赔偿，是由《航空法》授权国务院规定的，海事限额赔偿是《海商法》直接规定的。
(3)《条例》作为行政法规，只能规定行政管理，而不应该侵入司法领域，规定赔偿数额。司法实践中，类似的医疗事故、学校伤害事故的行政赔偿规定，都已不被法院采用，法院适用的是最高法院规定的人身损害赔偿标准。
(4)限额赔偿15万，比道路交通事故和航空事故赔偿都低很多，体现了铁路部门利益，很不公平。
3.事故赔偿可以统一适用上海死亡赔偿金标准，即63.676万元
(1)《侵权责任法》第17条规定：“因同一侵权行为造成多人死亡的，可以以相同数额确定死亡赔偿金。”故本事故农村户口与城镇户口遇难者的事故赔偿，可以同一标准，而不是区别对待。
(2)最高法院《关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第29条规定“死亡赔偿金按照受诉法院所在地上一年度城镇居民可支配收入或农村居民人均村收入标准，按二十年计算”。事故赔偿适用受诉地法院地标准。
(3)《民事诉讼法》第29条“因侵权行为提起的诉讼，由侵权行为地或者被告住所地人民法院管辖”。温州事故发生在浙江，被告上海铁路局注册在上海，因此浙江铁路法院和上海铁路法院都有权管辖，在浙江起诉的是适用浙江标准，上海起诉的适用上海的标准。两个标准是上海高(63.676万元)，浙江低(54.718万元)，差额(8.958万元)，因此当事人一般会选择在上海诉讼，适用上海标准。
4.关于精神损害赔偿金的数额，由法院酌定
《侵权责任法》以及《最高法院关于确定民事侵权精神损害赔偿责任若干问题的解释》没有规定具体的赔偿数额。司法实践中，精神损害赔偿一般最高赔偿5万，情况特殊的最高赔偿10万。
5.关于被抚养人生活费，法律适用存在争议
最高法院《关于适用中华人民共和国侵权责任法若干问题的通知》第四条规定：“人民法院适用侵权责任法审理民事纠纷案件，如受害人有被扶养人的，应当依据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第二十八条的规定，将被扶养人生活费计入残疾赔偿金或死亡赔偿金。”对于“计入”的理解有分歧：一种意见是，抚养费是不再单独赔偿，死亡赔偿金已包括之。另一种意见认为，只是不单独作为赔偿项目，而是加到死亡赔偿金中去。因此，有待于司法实践的明确。
6.关于共同侵权
上海铁路局声称，因信号设备缺陷引发动车事故的，如果情况属实，则设备生产商与与使用人铁路局是共同侵权人，承担连带责任。
7.关于雷击不是不可抗力
铁路运行中经常碰到雷击，其设备应该满足避雷要求，故雷击不是不可抗力。
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