一、甲方扣民工工资保证金的行为是否合法?
合法，启用保证金支付农民工工资后，劳动部门将责令责任单位在30日内等额补缴已启动支付的保证金。逾期未补缴的，建设工程项目部门对在建工程予以停工，已竣工项目不予验收。同时，建设工程项目审批部门和劳动保障部门将责任单位记入信用档案，通报批评并向社会曝光;情节严重的，依法予以处罚。
国家只是规定需要交纳农民工的保证金，但是交纳比例每个地区都略微不同，具体数目由各地的政府决定。以下列举下退取农民工工资保证金应提供的资料：
1、法定代表人授权委托书;
2、退款人身份证原件及复印件;
3、建设工程验收合格意见书原件及复印件;
4、务工人员工资发放花名册(工程竣工最后三个月);
5、缴纳保证金发票原件及复印件;
6、退款前一个月“结清务工人员工资通告”的照片(通告应张贴在工程地醒目位置公示一个月以上，并注明绥阳县劳动保障监察大队投诉电话);
7、工程期间的劳动用工合同或每月用工登记台帐;
8、建筑企业要求退取务工人员工资保证金的申请。工程竣工验收合格60日后，建筑企业可以申请退还务工人员工资支付保证金。
二、四种情况下可支取保证金
有下列四种情形之一时，经劳动保障部门查证属实后可以支取保证金：
1、建设企业未依法及时结算农民工工资，拖欠农民工工资的;
2、建设单位或建设企业非法转包、分包建设工程，导致用工主体不具有法人资格而发生拖欠农民工工资行为的;
3、建设单位或建设企业法人代表或工程负责人隐匿逃跑或死亡，造成拖欠农民工工资的;
4、其他被认为拖欠农民工工资的。
工程交工后，建设单位在施工现场农民工集散场所公示本建设项目的竣工日期、工资结算结果等情况，公示时间不得少于15个工作日。凡无拖欠的，由银行将保证金本金及活期利息一次性退还缴费单位。
这里的甲方其实主要就是指发包方，发包方一般情况下会按照工程合同价款的3%扣除民工工资保证金，所以民工工资保证金等于是需要施工单位自己缴纳的。不过，民工工资保证金在正常情况下都是可以如数退还的，比如在工程竣工以后，建设单位已经全部支付了民工的工资，可凭借相关的材料提取保证金。
三、合同保证金的相关规定
根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条：招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。
第六十条：中标人不履行与招标人订立的合同的，履约保证金不予退还，给招标人造成的损失超过履约保证金数额的，还应当对超过部分予以赔偿;没有提交履约保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任。
中标人不按照与招标人订立的合同履行义务，情节严重的，取消其二年至五年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
因不可抗力不能履行合同的，不适用前两款规定。
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