一、无证房屋能否获得行政赔偿
无证房屋固然可能属于违建，但若属于“程序违建”则应当予以适当补偿。
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条第三款规定，农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
《中华人民共和国行政强制法》第三十五条规定，行政机关作出强制执行决定前，应当事先催告当事人履行义务，催告应以书面形式作出。
无证房屋以违反程序法还是实体法为标准，可以分为“程序违建”与“实质违建”。“程序违建”是指没有实质上违反城乡规划和土地管理，只是未办理合法手续，违反了程序性规定，那么应当允许其通过补办手续、缴纳罚款而成为合法建筑。
“实质违建”是指实质上违反了《城乡规划法》《土地管理法》《水法》等法律的禁止性规定，无法通过补办手续使之成为合法建筑，其存在会对土地资源、城乡规划落实、河道行洪安全等造成持续性损害的情形。
区分“程序违建”和“实质违建”，要求人们正视违法建筑的价值与公共利益，不能一拆了之，还应根据实际情况判断，违法建筑能否补正手续使之合法，发挥其价值。
所以，行政机关应该综合考察这些无证房屋的来源，建房的时间，建房时的法治环境和政府相关管理是否到位，建房的动机和目的，建房者的使用和居住情况等，结合这些来综合判断被征收房屋是否属于“实质违建”，是否将其认定为完全不予补偿的违建。
二、征收中政府部门对无证房屋应该采取的正确处理方式
在征收中很多老百姓因为对补偿条件不满无法与征收部门达成一致，其无证房屋就被征收部门直接以一纸《限期拆除决定书》认定为违建，要求在指定期限内拆除。在指定期限内不自行拆除的，征收部门就会直接强拆，分文不补。通过上文的分析，我们可以知道这种将是否签协议搬迁与是否按违建处置捆绑在一起的做法是违背法律原则的。
最高人民法院在(2018)最高法行申5424号行政裁定书中指出，在征收中地方政府应严格依据590号令的规定，依法对征收范围内未经登记的建筑进行调查、认定和处理。
即按照土地管理法及其实施条例以及城乡规划法等法律、法规规定，由有权查处违建的机关依法判断、准确认定征收范围内未经登记的建筑是否属于违法建筑。
“同意签约就是合法建筑;不同意签约就是违法建筑”无疑是荒谬的，已被上述裁判文书所明确否定。
最高人民法院在上述裁定中同时明确：
在房屋征收过程中，对因历史原因形成的没有建设审批手续和产权证照的房屋，行政机关应当在征收之前依法予以甄别，作出处理，不能简单将无证房屋一律认定为违法建筑，不予征收补偿;
违法拆除因历史形成的无证房屋造成损失的，也不能简单以无证房屋即为违法建筑为由，不予行政赔偿。
在行政机关没有充分证据证明被拆除的无证房屋属于违法建筑的情况下，应当将该房屋视为合法建筑，依法予以行政赔偿。行政赔偿的项目、数额不得少于被征收人通过合法征收补偿程序获得的行政补偿项目、数额。
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