一、如何界定人民调解与仲裁的关系
如果人民调解组织针对劳动争议纠纷组织劳动者与用人单位进行调解，双方达成了人民调解协议，嗣后，双方申请确认人民调解协议，法院此时该如何处理?是作出相应的决定还是不予处理该申请。因为我国对于劳动仲裁的相关法律已有规定，对于劳动争议案件实行仲裁前置，该类纠纷未先仲裁，法院是不予受理的。如果法院受理了并作出了确认有效的决定，那该调解协议就有强制执行力了，这就会背离了我国关于劳动仲裁前置的有关规定;如果不予受理则有待《人民调解法》的司法解释对这一部分内容作出进一步的规定。
《人民调解法》规定的人民调解，是指人民调解委员会通过说服、疏导等方法，促使当事人在平等协商基础上自愿达成调解协议，解决民间纠纷的活动。其规定了人民调解调整的对象是“民间纠纷”。但是“民间纠纷”在我国法律上是个很宽泛的概念，包含的纠纷类型很多，这就有必要对其范围进行界定。否则，就会与司法调解、行政调解难以区分，三类调解之间的效力也难以确定。这将会给基层的实践工作带来了许多不便和混乱。
二、人民调解协议内容违反法律、行政法规强制性规定的应确认无效
人民调解协议是人民调解组织在双方当事人的自愿、合法基础上达成的一种协议，具有民事合同效力。根据合同法的有关规定，对合同的效力问题上也有合同无效的规定，这是对合同自由的必要限制。同时，在司法实践中，也存在确认合同无效的案件。为了能与合同法规定保持一致，如果协议违反了我国法律、行政法规强制性规定的，法院在确认此类协议时，应做出确认无效的决定，而不能不予确认协议的效力，否则当事人会对协议的效力产生误解。同时，如果存在无法确认协议效力的案件，比如人民调解协议的内容不明确，无法确认的，则应该做出不予确认的决定。故此，在确认人民调解协议案件的结果上笔者觉得应该有三类处理结果：有效、无效、不予确认。该法同时应该对此适用的条件、范围做出细致的规定。
三、当事人一方申请就可以启动人民调解协议的司法确认程序
最高院《关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》第一条规定了人民调解协议司法确认程序的启动需要双方当事人共同提出申请，这在实践操作中会产生一些问题，给一方当事人启动程序造成麻烦。依照现规定，如果有一方当事人不申请，确认程序就启动不了，这就会造成先前做的调解工作白做的困境，当事人只能通过提起诉讼来解决纠纷，这样在一定程度上影响了人民调解工作的开展。
四、未司法确认的人民调解协议，后又就该纠纷起诉到法院应区别对待
当事人若已达成人民调解协议，但没有申请司法确认，后又就该纠纷向法院起诉，此时法官应该认真审查人民调解协议，如果调解协议有效，法官应该行使释明权，给当事人说明情况，建议其申请司法确认，保证纠纷能够及时有效的处理，防止司法资源浪费;如果调解协议无效，则就按普通的民事诉讼处理。
人民调解是我国特色的法律制度，是一项重要的诉外纠纷解决制度，在维护社会稳定，优化社会发展环境中发挥着不可忽视的作用，有必要充分发挥该制度在我国社会发展与稳定中的作用。为了能够确保人民调解工作的顺利进行，在对《中华人民共和国人民调解法》做出司法解释过程中，有必要尽可能的充分认可当事人双方在人民调解组织的组织下达成的人民调解协议，防止出现“调成亦无果”的尴尬情况，造成社会成本增高和社会资源的浪费，影响了调解的效力和人民调解员的工作积极性。
