股权代持的法律风险主要来源于其实际出资人(即“隐名股东”)与工商登记的股东(即“代持股人”或“显名股东”)的不一致。隐名股东虽然向公司实际履行了出资义务，但股权却未登记在其名下，其在法律上不能当然地被认定为公司股东。隐名股东可能面临的法律风险主要包括以下几类：
一、股权代持协议的法律效力被否定的风险
可以说《公司法司法解释(三)》)在原则上认可了股权代持协议的法律效力，但认为股权代持协议当然有效则是一种误解，因其第二十五条第一款中明确规定“如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。”也就是说，如存在合同法第五十二条规定的情形，股权代持协议将被依法认定为无效。
此外需引起注意的是，本条仅仅明确了股权代持协议的合法地位，但并未明确实际投资人的合法股东地位;明确了依照股权代持协议保护实际投资人的投资权益，但对于实际投资人能否享有股东权益问题，仍然规定要严格按照公司法的规定执行。
实践中，股权代持协议违反合同法第五十二条的规定的情形还有：公务人员违反《中华人民共和国公务员法》等有关规定，以股权代持的形式经商的;外商为规避外资准入政策，通过与境内企业或个人签订股权代持协议，以隐名股东身份投资于外商投资企业法律和政策禁止或限制外商进入的行业的;隐名股东规避我国法律的禁止性规定，以显名股东名义对目标公司进行投资的。
二、显名股东恶意侵害隐名股东权益的风险
在一般的股权代持关系中，实际出资人隐于幕后，名义股东则接受隐名股东委托，在台前代为行使股东权利。面对各种诱惑，显名股东很可能违反股权代持协议之约定，侵害隐名股东利益，其主要情形包括：名义股东不向隐名股东转交投资收益;名义股东滥用股东权利(重大决策事项未经协商);显名股东擅自处置股权(转让、质押)，等等。
三、隐名股东难以确立股东身份、无法向公司主张权益的风险
虽然《公司法司法解释(三)》第二十五条原则上肯定了股权代持协议的法律效力，但投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。
隐名股东如果想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。根据司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。之后，隐名股东才能够成为显名股东并向公司主张股东权利。
四、显名股东的债权人针对显名股东股权强制执行的风险
在股份代持结构之下，股份登记在显名股东名下，其在法律上将被视为显名股东的财产。如果有第三人(主要是显名股东的债权人)获得针对显名股东的法院生效判决，该第三人极可能提出针对代持股份的执行请求。在这种情形下，隐名股东能否以其系实际出资人为由对抗该第三人的执行请求(提出执行异议)在法律上没有明确规定，因而存在极大的法律风险。
