1、小产权房的原始所有人(即“大产证所有人”)违法是可以被法院查封的。
2、小产权房的其他居住人违法是无法被法院查封的，理由如下：
(1)小产权房是法律所禁止出售的房屋;
(2)小产权房无法办理产证;
(3)居住人虽然花钱购买了房屋，但是无法办理产证，因此也就无法确认其所有权，故而法院就难以查封的;
(4)但是，原始所有人是可以被查封的，因为其有为宜产证。
法院查封房屋的程序
1、什么情况下法院会查封房屋?
法院查封房产的情形：
(1)恶意转移、变卖房产;
(2)诉前保全;
(3)执行案件中，暂无履行能力或无其他可供执行财产。
2、法院查封房产需要什么手续?
根据现行相关法律规定，通常是在提起财产保全或强制执行的程序时，人民法院将有可能对房产进行查封。手续如下：
(1)法院向国土房产部门发出《协助执行通知书》及附带的法律文书;
(2)办案人员向国土房产部门出示法院工作证，并分下列不同情形办理查封手续：
A、被查封的标的物已核发房地产证的，应提交国土房产局档案室出具的查册表;
B、被查封的标的物是预售商品房的，应提交房地产交易所出具的该预售商品房的交易情况表或该楼盘的明细表;
C、被查封的标的物是土地的，应先到国土房产局档案室查清该土地权属情况，并提交查册的书面结果。
(3)国土房产部门根据法院提交的资料，进行查封处理。
3、法院查封房产,但未告知登记机关,发生争议时如何处理?
法院查封房产，但不告知登记机关的极为少见。即使不告知登记机关，如果被执行人不对被查封的房产进行处分，也不会有争议产生。即便有争议产生，如果登记机关没有为被执行人办理处分该房产的权属登记，争议也不会涉及登记机关。因而，这种争议的产生应同时具备以下3个条件：一是法院未将法律文书送达登记机关;二是被执行人违法处分房产;三是登记机关为其办理了权属登记。
法院未将法律文书送达登记机关，登记机关就无从知道应当协助执行的事项。在这种情况下为当事人办理权属登记，不应对房产被查封一事承担责任。但是对于被执行人来说，如果知道房屋被查封，而仍然对该房产进行处分，如转让或设定抵押，这种处分是无效的。
在这种情况下，对于承受房产的一方，一般也不能按最高人民法院法释(2004)15号文中第十七条的规定处理：即承受房产的一方如果已经支付全部价款并实际占有，且对此没有过错，人民法院就不予查封。
因为第十七条规定虽然用了“被执行人将其所有的需要办理过户登记的财产出卖给第三人”的字句，但是其中的“被执行人”在是指在进行房屋买卖时还不是“被执行人”，而是将成为“被执行人”;其中的“出卖给第三人”则是在房屋被查封前，双方已发生房屋买卖的民事行为。否则，该条后文就不会有“人民法院不得查封”的表述。
