1、施工合同的效力问题;
2、合同无效是否应进行结算;
3、备案合同和“补充协议”即黑白合同不一致，在结算时应采纳哪一份合同作为结算的依据问题;
4、对于建设部推荐施工合同版本通用条款中涉及的发包方逾期不结算是否视为认可送审价的问题;
5、工程款结算采取何种标准的问题;
6、诉讼中，造价司法鉴定(司法审价)的范围;
7、关于工程质量、工期、农民工利益等问题。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第八条 承包人具有下列情形之一，发包人请求解除建设工程施工合同的，应予支持：
(一)明确表示或者以行为表明不履行合同主要义务的;
(二)合同约定的期限内没有完工，且在发包人催告的合理期限内仍未完工的;
(三)已经完成的建设工程质量不合格，并拒绝修复的;
(四)将承包的建设工程非法转包、违法分包的。
第九条 发包人具有下列情形之一，致使承包人无法施工，且在催告的合理期限内仍未履行相应义务，承包人请求解除建设工程施工合同的，应予支持：
(一)未按约定支付工程价款的;
(二)提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准的;
(三)不履行合同约定的协助义务的。
第十条 建设工程施工合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款;已经完成的建设工程质量不合格的，参照本解释第三条规定处理。
因一方违约导致合同解除的，违约方应当赔偿因此而给对方造成的损失。
第十一条 因承包人的过错造成建设工程质量不符合约定，承包人拒绝修理、返工或者改建，发包人请求减少支付工程价款的，应予支持。
第十二条 发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：
(一)提供的设计有缺陷;
(二)提供或者指定购买的建筑材料、建筑构配件、设备不符合强制性标准;
(三)直接指定分包人分包专业工程。
承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。
第十三条 建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，又以使用部分质量不符合约定为由主张权利的，不予支持;但是承包人应当在建设工程的合理使用寿命内对地基基础工程和主体结构质量承担民事责任。
第十四条 当事人对建设工程实际竣工日期有争议的，按照以下情形分别处理：
(一)建设工程经竣工验收合格的，以竣工验收合格之日为竣工日期;
(二)承包人已经提交竣工验收报告，发包人拖延验收的，以承包人提交验收报告之日为竣工日期;
(三)建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用的，以转移占有建设工程之日为竣工日期。
因此，在涉及到施工合同纠纷时，主要要考虑这个合同是否是属于有效的合同，如果这个合同它是属于无效的合同，但是这个合同的工程已经展开了，那么最终双方应当怎样对这个工程进行结算，还有这个备案的合同和原来的原装合同是否是属于一份合同，是否存在着阴阳合同的情况，也是需要考虑到的问题。
