与城市和小城镇污水处理相比，农村水污染主要有如下特点：
1、规模小且分散
我国现行的“城市污水处理工程项目建设标准(1997)”中将城市污水处理规模分为五类，其中v类为10000～50000m3/d.我国的小城镇污水处理规模一般小于20000m3/d，重点是2000m3/d～5000m3/d.而农村污水处理是不同于城市和中小城镇污水的第三种类型，其污水量比中小城镇还小很多，一般在1000m3/d以下，其中多数在500m3/d以下。与城市和小城镇污水处理相比，农村不仅居住密度小，而且有些户与户之间居住较分散、村与村间距也相对较远。
以北京市怀柔区九渡河镇为例来具体分析。该镇是中国和欧盟的生态试点镇，距北京市区70公里，下辖18个行政村，总面积177平方公里，共有5897户，人口1.8万人，人口密度平均每平方公里101人。
2、区域差异大
我国幅员辽阔，从冬季时间长达半年以上的北部到常年四季如春的海南，地理环境、气候、当地经济发展水平等地区差异大，给污水处理带来很大困难。我国现阶段在污水处理领域普遍采用生物处理法。在此过程中酶是主要的降解激发物质，而构成酶的蛋白质，对温度比较敏感，随着温度的降低其活性明显变弱。研究还表明，温度对微生物种群组成、微生物细胞的增殖、活性污泥的絮凝性能、曝气池充氧效率以及水的粘度都有较大影响。在大型污水处理厂，由于水量大，水温受气温的敏感程度小，而农村排水量小，导致气温对处理效果影响很大。因此，我国南北方、东西部的气候环境不同，农村污水处理所适用的工艺及设计参数也有很大不同。
3、水量水质变化大
每天的不同时段，水质水量变化较大，且比较集中;特别是早、中、晚集中做饭时间，污水量达到高峰，是平时污水排放量的2～3倍;此外，农村排水系统很不完善更没有经过合理的规划，雨污混排，受雨季影响，水量变化系数较大。
农村生活污水的来源主要是厨房用水和洗涤用水，由于农村没有完善的排水系统，渗漏严重，农村生活污水的cod、bod5普遍高于城镇生活污水，cod350～770mg/l，bod5200～400mg/l，b/c0.45～0.55，可生化性好，ss250mg/l，tkn30～-40mg/l，ph6～9，tp2.5～3.5mg/l。
4、管理水平低
污水处理工程是一个由不同功能单元组成的系统，是一个特定“车间”，需要一定的水力学、环境工程微生物学和机械设备等专业知识背景。目前我国农村污水处理站主要由村民管理，人员专业素质低，维护管理技术人员及运行管理经验严重缺乏。
