被认为是海洋产业经济增长点的海水养殖，在带来重大经济效益的同时，引起了一系列环境问题。
日前在北海市召开的全国近岸海域环境监测会议上，专家警告：海水养殖正成为近岸海域重要污染源，必须以法律规范海水养殖活动并实施监督监测，以确保海洋产业的可持续发展。
这次会议提供的资料表明：面积约37万平方公裡的我国近岸海域，近年来随着沿海经济的高速发展和海洋资源开发利用力度不断加大，污染程度日益加剧，整体环境质量不断下降，环境灾害频繁，海水三类水质以上占近岸海域面积约56﹒8%，一类水质仅为14﹒7%。赤潮发生则由七十年代的每年1-2次增加到九十年代每年20多次。
从海水污染的成份分析，我国近岸海域的主要污染因子是无机氮和活性磷酸盐，成因除了河流和城市生活污水入海，鱼虾贝类海水养殖因素不容忽视。以养虾为例，专家介绍，即使是管理得最好的养虾场，也有30%的铒料未被摄食，造成虾池自身污染。监测发现，残饵溶生的氮、磷营养物质是对虾养殖环境及其邻近浅海的主要污染源。北海海洋环境监测中心站“近海富营养化研究及赤潮调查”课题组组长覃*荣指出：海水养殖的自身污染使近岸海水变成富营养化，为赤潮生物提供了适宜的生态环境，使其繁殖加快，诱发赤潮。
“海水养殖热”由于缺乏规划，对生态系统造成了直接破环。与沿海沼泽地、珊瑚礁、上升流并称“四大最富生物多样化海洋生态系统”的红树林，具有防水土流失、净化海水和预防病毒的作用。近年来，为滩涂养殖人为砍伐红树林现象时有发生。1999年10月到2000年4月，北海市闸口镇围垦养殖毁红树林30多公顷，北海市沿海其它地方零星砍伐达数十公顷;而钦州湾茅*海兴建围垦工程，一期工程达760公顷，没有考虑保护堤内200多公顷对维护生态平衡起重要作用的红树林。有关专家指出，由于135平方公里的茅*海隻有一个狭小出口与外海相通，水体交换能力低，如此大面积围垦将导致淤积，污染加重，威胁该海区4大名贵海产品––牡蛎、青蟹、对虾、石斑鱼的生存，最终得不偿失。
北海市一份关于水产业发展介绍的材料称：北海10米等深线以内浅海滩涂面积298万亩，目前隻开发40万亩，仅13﹒4%，浅海几乎还没有开发利用。广西海洋研究所红树林专家范*清博士对此却显得忧心忡忡，他说：海水养殖一定要有科学论证，慎之又慎，一窝蜂的无序开发，隻考虑项目效益而忽视整体生态环境效益，遗留的生物多样化破坏、土地盐碱化等生态负效应将是非常严重的。
