1、商住两用房无法迁入户口，这就意味着即使周边区域内有好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学;
2、50年产权属于商业地产，政策上是要征收房产税的，每年征收购房价格的0.84%，但是现在实际上没有执行这一条，以至于绝大多数人都不知道，未来政策走向就不好说了，住宅要开始收增量的话商住楼的房产税估计也是要收的了。
3、卖出时交易税费高。商业地产过户时需要缴纳各种各样的税费，个人所得税是必征的(不像住宅可以满五唯一的情况下免除)，契税按3%征收。这也是为什么商住楼的价格跟住宅比总是炒不上去的原因之一。购买时不实行税费优惠的政策。普通住宅购房时有许多优惠的税费政策，但购买商住两用房时没有相应的税费优惠政策。
4、物业、水电、公共维修基金等费用较高。由于商住两用房的水电价格实行商业用标准，较之一般生活用标准要相对较高;物业收费也较少受到政府部门的限制;公共维修基金也与商户就共有所有权部分的维修进行平摊。上述原因造成商住两用房在日程生活中产生的费用较高;
5、产权40年或者50年。一般住宅的所有权为70年，在到期后可以自动续期，而商住两用房、产权40年或者50年，在到期后不是自动续期，并且要补交土地出让金;
6、商住楼的公摊面积一般都比较大，得房率略低。不过商住楼的优点也是显而易见的，不限购，不占房票，不影响首套房贷，一般以小户型为主，租金高，楼内环境较好。
7、没有完备的生活配套服务设施。商业项目一般不强制性要求设计配套服务设施，例如学校、商业、居委会等，也就是说没有配套的幼儿园、学校，也没有配套的医疗、养老服务等。这样就会给购买后的日常生活带来诸多不便;
8、按揭贷款实行商业用房标准。商住两用房首付50%，贷款利率为普通住宅的1.1倍，贷款年限最多为10年，并且不能用住房公积金贷款;
房地产市场有很多项目是商住两用房，因此，水电是否是商住，产权证上面房子的产权年限是长时间，是不是小产权房，都是购房者需着重要考虑的。购房者购房之前一定要看清楚几证。第一要看预售许可证上的房屋用途标注是什么。第二，如果写的是商住，是不是就是指商住楼?第二要看土地证。有的土地证里面有多个期限。每一块项目的用途不同，期限也不一样，比如说，土地证可能会有两个期限，有70年，有50年的。接着要看建设工程规划许可证，看项目用地地块规划到底是什么，是否和预售许可证上面的内容一致。
