如果行政机关不履行行政协议造成损失，行政相对人是可以向人民法院提起行政诉讼的，人民法院需要根据行政相对人的损失确定赔偿数额。
法院在审理行政协议案件中，在实体法方面，应当优先适用有关行政法律、法规或者规章的特别规定，没有特别规定的，适用合同法。优先适用行政法律法规在于审查行政机关的行政行为是否合法。例如，法院在审查征收补偿协议过程中，要审查该协议的签订是否符合公共利益和行政程序的要求，是否对当事人给予了适当补偿等等。考虑到行政协议兼具行政性和合同性两方面，在审查行政协议过程中还应当适当援引民事法律规范，如《合同法》中规定的违约责任、当事人的行为能力等。同时，在程序上也可以从民事诉讼程序中有所借鉴，比如说允许调解、适用“谁主张、谁举证”规则等。行政机关不履行行政协议造成损失的解决途径。
第一、上一级行政机关的行政救济。行政合同作为一种行政行为，应受行政法所调整，对于行政合同纠纷，故救济途径不可能排除行政救济即行政复议。我国行政复议法第2条规定：“公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益，向行政机关提出行政复议申请，行政机关受理行政复议申请，作出行政复议决定，适用本法。”第6条对行政复议范围作了明确的规定，其中第五款“认为行政机关侵犯合法的经营自主经营权的”，第六款“认为行政机关变更或者废止农业承包合同，侵犯其合法权益的”，是将纳入行政复议范围的行政合同具体化了。所以相对人也可以通过行政复议来解决发生的行政合同纠纷。
第二、提交法院的司法救济。行政主体在行政合同中处于优越的地位，而行政管理的相对人就成了弱势群体。所以司法救济是保护他们合法权益的最有效也是最后的途径。目前，行政合同纠纷在司法审判中，在审理程序法上适用民事诉讼程序，在实体判决上适用民事法律规范和行政法律规范的法律适用模式。在具体操作中，往往根据原告的诉讼请求，来适用民事或行政诉讼程序。
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