无论在现有的法律制度下，还是在修改后的法律制度下，正确认识公司的章程性质，充分发挥它的功能，都不失为股东利益自我保护的有效途径。
公司章程是公司必备的，规定公司组织及活动的基本规则的书面文件。章程是公司的小宪法，公司的所有成员都必须依章程的规定来享受权利、承担义务。基于有限责任公司更需要股东之间的相互信任，因而相对于有限责任公司而言，通过章程来维护小股东权益更具有优势。大多数的中小型国有企业、城镇集体企业从人员、资产、企业规模等多方面考虑，多设立为有限责任公司，因而从公司章程的角度来考虑，对改制企业小股东权益的保护上更具有现实意义。
由于《公司法》对章程内容规定得比较简单，加之改制时急于求进度，改制后新公司设立中求速度，对于公司章程的制定和完善并不十分重视，为了新公司能设立，往往依照工商部门提供的“标准格式”简单从事，很少全面细致考虑。因而当出现股东之间产生纠纷，或董事、经理恶意侵吞公司财产时，中小股东的权益无从得到保护。
在公司法的框架下，为保护中小股东的合法权益，可以从以下几方面来考虑章程的制定和完善。
1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的规定，以制约大股东的行为。例如，在规定简单多数决和绝对多数决才能生效的情况下，可以规定更为高的要求。
2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。其中特别需注意的有以下几方面：
①明确大股东和董事对公司、对中小股东的忠诚义务和善管义务。鉴于目前公司中大股东、董事会实际控制公司的情况，作出这样的约定是必要的。目前国外，无论在大陆法系国家，还是英美法系国家中，都主张在公司和章程中强化董事对公司的忠诚义务和善管义务。
②在章程中明确公司的监督体系和方式。监事会是对公司的业务活动进行监督和检查的常设机构。章程中应明确载明限制大股东在监事会中的人数，确保适当比例的小股东监事成员。对人数较少的公司，其常设的监事应由小股东来担当。在章程中赋予监事以明确的职权，并对不服从监事监督管理的行为，规定相应的救济途径，如规定监事会在特定情形下享有直接召集股东权的权力等。
3、建立公司财务、政务公开制度。目前在国家机关及农村村级组织中，财务公开、政务公开，已收到了良好的效果，证明让权力在阳光下运行非常公正。在公司中完全可以引进这一机制。
4、赋予普通股东更多的知情权、调查权、《公司法》第32条规定“股东有权查阅股东会记录和公司财务会计报告”，对于股东的其他调查权、知情权却未作规定，因而可以在公司章程中对此予以具体化。
5、对公司董事、经理违反《公司法》第60条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。《公司法》第60条规定：“董事、经理不得挪用公司资金或将公司资金供给他人。董事、经理不得将公司资产以其个人名义或其他个人名义开立帐户存储。董事、经理不得将公司资本为本公司的股东或其他个人担保。”，但对行使超越职权范围的行为如何处罚未作相应规定，只是在《公司法》第63条规定“董事、监事、经理执行职务时违反法律、行政法规或公司章程的规定给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。”而在实践中，当出现第63条规定的“造成损失”情形时为时则已晚矣。因而在公司章程中对超越职权范围的行为作出相应的处罚规定，就可以做到防患于未然了。
